杭州是繼廣州之後，宋朝政府第二個設置市舶司的地方。宋太宗初年本有「禁海賈」的詔令，因此宋朝海外貿易一時受到限制。雍熙四年(西元987年)廢除禁令，宋太宗派遣內侍八人拿著敕書和金帛出使海南各國，一來希望這些國家能夠向宋朝進貢，一方面又到各地採買香藥、真珠等物品。端拱二年五月，杭州市舶司成立，但在淳化三年(西元992)遭到罷廢，將市舶司移至明州。監察御史張肅認為在明州設置市舶司不甚便利，因此次年又在杭州復置市舶司。宋真宗年間，為了方便海外貿易的進行，於咸平二年九月下詔在杭州、明州分別設置市舶司。但宋神宗元豐三年~宋徽宗崇寧元年，杭州市舶司曾遭到罷廢。宋高宗建炎二年五月，設置兩浙市舶司，紹興二年(1132年)將司署移至秀州華亭縣，杭州當地改設市舶務，受兩浙市舶司監督。此後直至宋朝滅亡，杭州只有設置市舶務，負責處理海外貿易事項。杭州市舶司設置的原因有三：一是位於運河的起點，杭州位於運河南端的起點，所有貨物籍由運河送往中國各地。二是用杭州取代揚州，位於海岸附近的杭州，港口機能較處於內陸的揚州更為優良。三是杭州工商發達，人口眾多。元代沿襲宋代，於元世祖至元二十一年(西元1284年)在杭州設置市舶司。