西元前490年，大流士改派阿塔斐尼和大提士為征希大將軍，也改變了戰略，準備從小亞細亞西岸直攻希臘心臟地帶。波斯大軍在攸比亞島（Euboea）登陸之後，所有希臘城邦都驚惶失措。當時的雅典城內有一個阿爾克邁翁家族（Alcmaeon），這個家族是支持逃跑到波斯的前僭主喜庇亞（Hyppias），希望幫助喜庇亞在雅典復辟；另外雅典曾援助過米利都，主和分子此時主張與波斯人合作，避免波斯報復，因此雅典處於內憂外患交迫的困境。但在大敵當前之際，希臘各城邦放棄原來的成見，組成聯合陣線，一同抵禦波斯。波斯接受被雅典放逐的僭主喜庇亞的建議，準備從馬拉松登陸；馬拉松是一片平原，因此特別適合波斯騎兵作戰。此時，雅典向斯巴達求援，適逢斯巴達的重要宗教節慶，無法出兵，雅典只好獨自應戰。