愛琴海上的一個城邦那克索斯島（Naxos）發生政變，貴族被趕出城邦，而向阿利斯泰哥拉求援，阿利斯泰哥拉向阿塔斐尼（Artaphrenes）報告，並借得了波斯戰艦，波斯帝國也任命了美噶比薩斯為征討大將軍。但卻發生了統帥權的爭執，美噶比薩斯便向敵軍密報，使敵方有所準備，結果阿利斯泰哥拉圍攻了四個月卻毫無所獲。阿利斯泰哥拉回到米利都後感到不知所措，因為他得罪了阿塔斐尼和美噶比薩斯，擔心波斯會奪去他的職位。結果，一位由希斯提亞斯派來的密使勸他發動獨立戰爭。西元前五百年，阿利斯泰哥拉以恢復愛奧尼亞殖民地的獨立為號召，號召小亞細亞的希臘城邦，公然向波斯叛變。結果，所有小亞細亞的希臘人一齊響應，除了愛奧尼亞人外，也包含多利亞人和埃俄利亞人。同時也向希臘本地求援，斯巴達拒絕了，雅典則派二十艘戰船，會合殖民地的軍隊，焚燒波斯總督府所在的撒狄斯（Sardis）。大流士得到消息後大怒，發兵平定亂事。雅典這次拒絕出兵，阿利斯泰哥拉在北逃的過程中戰死，希斯提亞斯也被阿塔斐尼調查出為幕後主使者而被處死。在雷提島海戰一役，希臘艦隊慘敗給波斯海軍，波斯於是從水、陸兩路同時進攻，攻克米利都，平定了為期六年的亂事。