基督教與猶太教因在教義方面的不同，造成對立。譬如對「彌賽亞」的看法：猶太人認為救世主至今尚未降臨；基督教認為耶穌就是救世主，將來還會再次降臨。對聖經的看法：基督教強調《舊約》只是上帝臨時性的安排，耶穌基督的降生表示《新約》將取代《舊約》。基督教指責猶太教反耶穌，迫害基督教；猶太教則指控基督教背棄猶太教的信仰，誣蔑猶太人是殺害耶穌的兇手。西元4世紀以來，基督教的勢力已然鞏固，當時通行的拉丁文聖經譯本已見貶損及譴責猶太人的文句，其中影響最大的莫過於指控猶太人是殺害耶穌的劊子手。《新約》的四大福音書對此事件的記載不僅詳盡，也充滿戲劇性，但在耶穌遇害經過的描述中卻充滿疑點，也與當時的法律有諸多矛盾之處，雖然將耶穌的死難歸咎於猶太人，恐怕是缺乏事實根據的，但卻是基督徒仇恨猶太人的主要因素。在經濟方面，由於散居各地的猶太人始終被當地社會視為異族，他們不得擁有土地，也不得從事大多數的手工業。為了生存，猶太人必須把握主流社會生活的縫隙與機會，從事當地居民不願或不能從事的行業，於是放高利貸變成了猶太人不得已的選擇。基督教會視放貸業為罪孽，並明令禁止基督徒從事此行業，猶太人經營放貸業，變成了基督徒輕視和厭惡猶太人的重要原因之一。在社會方面，猶太人自亡國後散居各地，儘管有些猶太社區持續了將近兩千年之久，甚至遠超過日後才發展起來的國家或城邦，但往往因為他們不信基督教，而被視為是「異鄉人」、「流浪民」。在日爾曼的習慣法中，猶太人沒有天賦的居留權，沒有基本的人權，更沒有政治權利，甚至連財產繼承權都沒有。統治者可以透過頒發特許狀或吊銷特許狀操縱猶太人的居留權，以此獲得金錢利益。基督教會為了防堵猶太教和猶太文化對基督徒的影響，規定猶太人穿著特殊服裝，佩帶識別標誌，甚至以法律的方式，強迫猶太人居住在指定區域－猶太人區(ghetto)，阻絕猶太人與基督徒的接觸。