十九世紀巴拿馬運河的興建，並不是突發奇想的創舉，早在十六世紀西班牙殖民時期，為了將從秘魯掠奪的黃金運回西班牙，探險家賽倫（Alvaro de Sarvedola Selon）便提議在中美洲地峽的某處挖掘運河，可使大西洋至太平洋間的航程大幅縮短，節省船隻航行時間，降低航行的風險。當時列出四個位置，分別是墨西哥的臺宛太白地峽（Tehuantepec）、尼加拉瓜、巴拿馬與達連；其中尼加拉瓜與達連兩地，直至今日仍是興築第二運河的候補位置。除賽倫之外，亦有不少探險家與殖民地官員，先後向西班牙國王菲力浦二世（Fillipe Ⅱ，1556-1598）提出建議；然而當時的西班牙對於殖民的美洲地區，採取征服掠奪的態度，無心建設殖民地，菲力浦二世曾說：「假如上帝希望有運河，那祂老早已造好了。我們不想妨礙上帝的工作。」正是最好的寫照。西班牙探險家巴斯帝達斯（Rodrigo de Bastidas，1460-1527）於西元1501年發現巴拿馬。1509年，西班牙派遣遠征隊征服當地的印地安原住民，命名為「黃金的卡斯提亞」（Castilla del Oro，包含今日的巴拿馬、哥斯大黎加與尼加拉瓜地區），並設置總督進行統治，巴拿馬成為西班牙殖民地。巴拿馬一詞的由來，為當地的總督巴爾博（Vasco Nunez de Balboa）於西岸的太平洋建立港口，命名為巴拿馬，含有印地安語「漁夫」之義。由於當時從殖民地秘魯運送黃金返回西班牙，途經麥哲倫海峽的航路太過遙遠與危險，主要改採秘魯至巴拿馬港，再上岸通過狹窄的地峽，運至加勒比海的港口，從海路抵達西班牙，雖然已經大幅縮短航程與時間，但依舊相當漫長費時。十八世紀加勒比海成為海盜肆虐的巢穴，航路中斷，運送船隻乃改走遙遠的合恩角（Cape Horn），同時母國西班牙對巴拿馬殖民地的控制亦日漸薄弱，1819年哥倫比亞脫離西班牙獨立，1821年巴拿馬加入，成為哥國的一州，擺脫西班牙殖民地的身份。