基督教早在1624年荷蘭統治南台灣時，因為殖民和教化原住民之需，從1627年起第一位對臺宣教的傳教士甘迪士牧師(Rev. George Candidius)抵達台灣，之後的尤尼斯牧師(Robert Gunius)也來臺宣教。他們以赤崁附近的新港社為對象，學習當地『新港語』，並以羅馬拼音的『新港語』翻譯馬太福音、約翰福音、祈禱文、摩西十誡、基督教問答等內容，以『新港語』教授聖經、編教材，更重視教育工作，在各地設立學校，甚至遠到雲林北邊的華武?社、屏東的他卡拉陽社、林邊鄉的放索社都有學校。 在學校教育方面，不僅兒童要上學，成年男女也要利用黎明或傍晚上課，對不願入學的人，則施以罰款。學校教師由傳教士兼任，他們也是東印度公司的職員。教材內容，則以基督教教義為主。原住民沒有文字，因此傳教士利用羅馬字母拼注『新港社語』。直到清代，南部一帶平埔族，還以這套拼音文字寫在與漢人訂立的契約書上。 另一個重要時期在台灣開港後，英國長老教會在南台灣傳教，加拿大長老教會在北台灣傳教，皆以醫療傳道，成效良好。長老教會提升了醫療與設備，如新樓醫院、馬偕醫院、彰化基督教醫院；促進學校教育發展，如設立台南神學院、長榮中學、長榮女中、淡水中學和淡水女學堂等，掃除台灣文盲貢獻良多。