明末耶穌會士來到中國，他們以傳播西方科學知識打入中國上層社會，藉此拓展傳教事業。在耶穌會士傳播的科學知識中，以天文學知識最為重要。湯若望便是藉著修訂曆法，得以接觸中國統治者，使傳教事業站穩腳步。湯若望(Jean Adam Schall von Bell)，是活躍於明清之際的著名耶穌會傳教士。他先在明廷修訂曆法，政權交替後，獲得新統治者的允許，仍留在朝廷繼續曆法修定的工作。 湯若望在華四十多年，將西方先進的天文學、光學、火器、礦業等新知介紹到中國。最重要的貢獻，是參與了曆法改訂，編定了《崇禎曆書》。湯若望還編纂了《遠鏡說》，這本書對伽利略望遠鏡的製作原理、結構、功能以及使用的方法都做了詳盡說明，是中國科學史上很重要的一部著作。傳教士為中國朝廷服務，天文曆法最為重要。因為中國向來特有的皇帝祭天權力，以及觀察天象與政治之間關係的傳統，也使得傳教士能夠藉由制定曆法、製作天文儀器等方法，順利進入中國統治階層。傳教士對他們在中國的政治影響力特別注意。不管是明、清政權，都是他們爭取的對象。此外，製砲技術亦極受朝廷歡迎。明朝即多次依靠洋砲擊潰清兵。後來清人也掌握了紅夷砲的製作技術，才能成功擊敗明兵。康熙也命西洋教士造西洋鐵砲120門，1680年又造神武砲320門，及威力巨大的神威砲240門，以裝備八旗。南懷仁依康熙的要求，製造出砲身小，火力強，命中率高，又可置於騾馬背上行軍的輕巧火砲，在平定三藩之役立了大功。

民教衝突愈演愈烈，也和基督教義理儀式與中國儒家禮俗衝突有關。中國人對基督教禁止祭祖一事相當不滿。認為不祭祖者，與禽獸幾無差別。而基督教的平等觀念，也讓士大夫不滿。五倫觀念在中國已根深蒂固，君臣、父子豈能平等，簡直無君無父。此外，男女共同參加祈禱、聽道等聚會，讓講究男女之防的中國人，更是難以接受。民教衝突的爆發，「挖眼剖心」、「迷拐幼孩」、「誘姦婦女」等謠言的散播常成為導火線。由於中國社會重男輕女，產生了溺殺女嬰和拐賣男童的奇特現象。而天主教多設有育嬰堂，收養貧困家庭的孩子，尤其是遭遺棄的女嬰。教堂為了多方收養以造公德，會給予送養兒童者金錢補貼，如此卻助長犯罪，拐賣兒童案件層出不窮。而一般鄉民無知迷信，誤以為教會收容嬰兒幼童，是為了挖眼剖心以製作蠱藥害人，因此，一有謠言散佈，立即引起公憤，鄉民相率前往教堂理論鬧事，甚至爆發仇教、打教等激烈流血衝突的 “教案”。

從《古蘭經》經文中可得知伊斯蘭教有六大基本信仰。一、信仰真主阿拉，祂的神聖性是絕對的，獨一無二；二、信仰天使；三、信仰經典，相信它是真主的最後一部經典；四、信仰使者，相信穆罕默德是真主的最後一位使者；五、信後世，相信死後復活和末日審判；六、信前定，相信宇宙一切人、事、物的發生都是真主安排和事先制定的。接受這六大信仰，就是伊斯蘭教的成員，但要成為一個完整的穆斯林，更要確實遵守五項宗教功課（Ibadat），這是穆斯林必須履行的基本責任。中國通稱五項宗教功課，念、禮、齋、課、朝為五功。「念」功，為五功之首，主要是指唸誦「清真言」或「作證辭」及一切讚頌真主的經文。其中心誠口服地唸誦清真言（al-kalimahal-Tayibah）：「萬物非主，唯有阿拉，穆罕默德是阿拉的使者」，這是最基本的念功。「禮」功，又稱為「拜功」是信仰的支柱，指穆斯林面向麥加克爾白天房誦經、祈禱、跪拜等一套宗教儀式的總稱，它可以分為日禮、聚禮、會拜三類。最為人所知曉的是，每日五次的禮拜，為晨禮（破曉時）、晌禮（正午過後）、晡禮（太陽偏西時）、昏禮（黃昏）、宵禮（入夜），五次禮拜各有其特有的時間和儀式。此外，星期五的「主麻日聚禮」（Jumuah），所有穆斯林聚集在一起禮拜，可以彼此相互了解，也可以激發團體意識。「會拜」每年兩次，在開齋節（教曆10月1日）和宰牲節（教曆12月10日）各一次。禮拜是使人完全成為穆斯林的一種訓練課程，令人可想到自己與真主間的約定，感覺真主就在面前。「齋」功，每年伊斯蘭教曆的拉瑪丹（9月）全月齋戒。封齋期間，每天從破曉到黃昏，一般穆斯林不論如何飢餓口渴，完全都不能飲食。透過齋戒，穆斯林可以學會克制慾望，磨練心志，清心寡欲，獲得責任感和忍耐精神，並堅定信仰。「課」功，即繳納定量的課稅。如果穆斯林經濟狀況超過某一定特定水準，必須從他每年現款盈餘提出千分之二十五給一位值得幫助的人，施捨越多，真主給他的報償也越大。穆斯林可以藉此培養犧牲精神，免於自私及過度追求財富。「朝」功，即穆斯林在條件允許下，一生應朝覲麥加一次，如果不行可雇請別人代替朝覲。踏上先知出生之地，是穆斯林一生的夢想，完成朝功的穆斯林可以獲得「哈吉」（hajj）的榮譽稱號。朝覲季開始於伊斯蘭教曆的十月一日，為期70天，在教曆12月朝覲月的8日至12日期間朝覲，稱為「大朝」或「正朝」，其他時間朝覲稱為「小朝」或「副朝」。朝覲儀式：穆斯林先在規定地方受戒，遊轉天房，夜宿米那（效法先知在此休息），進駐阿拉法特平原上做禮拜，在薩法（Safa）和麥爾臥（Marwah）兩山之間來回奔跑七次。保衛伊斯蘭信仰，雖然不是基本教義，但古蘭經和聖訓卻一再強調其重要性。若宣稱信仰伊斯蘭教，則必須保衛伊斯蘭教，「聖戰」（Jihad）是護教的一部份，其意思為盡一己之力而奮鬥。但就教法（Shari’ah）而言，聖戰是指完全以真主之名與壓迫伊斯蘭教的敵人作戰，逃避此責任就是罪人。

與馬丁路德幾乎同時期的改革，還有在瑞士的茲文利（Huldrych Zwingli，1484-1531），他在蘇黎世首先發難。在他死後，由喀爾文（John Calvin，1509-1564）接手，主張宗教、道德應合而為一，崇尚簡樸、勤勞、自律的生活。

在宗教改革如火如荼展開前，教會本身內部的腐敗問題非常嚴重，教會的形象大受打擊，此，接踵而來的外在情勢變化更是讓教會疲於奔命。十四世紀以來，中世紀以「神」為中心的思考與生活開始有了轉變。首先是十四世紀初，歐洲各地經歷了嚴重的飢荒和黑死病的流行，持續了百餘年，使得歐洲人對「神」產生懷疑，無法理解這場災禍降臨的原因，況且，連服務「神」的神職人員也無法倖免於難，更讓人對教會的角色感到困惑。僥倖存活的群眾依然要面對教會或是地主的苛捐雜稅，生活辛苦。就在同時，許多「異端」順勢而起，企圖擺脫羅馬教廷管轄的宗教世界，為苦難大眾找尋另一條出路。其次，發祥於義大利北部的文藝復興運動帶來了思想上的改革。因為優越的地理位置以及興盛的商業貿易，義大利北方的幾個城市如佛羅倫斯、米蘭、威尼斯等成為重要的貿易中心，商人們在物質豐足之後，追求更精緻的藝術享受，中古世紀的封建文化已不能滿足他們對文學、科學或藝術的要求。為了找尋更具創意與吸引力的題材，許多人從古希臘、羅馬的文化去尋找新的元素，恢復古希羅的文化精神成為此一運動的重要目標。因此，他們特別強調「人本主義」（Humanism）的理想，肯定人的尊嚴與價值，重視個人精神的獨立。於是，不少知識份子將這個精神表現在關懷現世社會，反映現世問題。而當時的教會和教士便成為文人學者筆下的最佳題材，他們以犀利的文字諷刺教會的衰敗與腐化。如但丁（Alighieri Dante）的《神曲》（Devine Comedy）充滿著對教會和封建貴族的譴責，對自由、理性和求知精神的歌頌，帶有鮮明的人文主義色彩；薄伽丘（Gisvanni Boccaccio）在「十日談」（Decameron）中，以黑死病流行的時代為背景，生動的描述了當時修士、教士們的醜態，反映他對教士腐化的輕視態度；又如人文主義大師伊拉斯莫斯（Desiderius Erasmus），在以拉丁文寫作的《愚人頌》（In Praise of Folly）中，指責教會愚弄人民，並抨擊教會的虛偽與偏見。再者，書籍的流通與印刷術的使用也成為宗教改革能夠推展的原因之一。在此之前，教育幾乎都掌握在教會的手中，書籍昂貴，流通困難。直到十世紀左右，造紙術才藉著回教徒輾轉從中亞傳入歐洲，十四世紀時，紙張開始大量生產，為印刷業提供了充足的原料。1456年，古騰堡（Johann Gutenberg，1400-1468）利用活字印刷術印製了第一本聖經—「古騰堡聖經」（Gutenberg Bible），厚達1282頁。不久，這項技術傳遍了歐洲，書籍得以大量印刷，並以低廉的價格嘉惠讀者。而透過聖經的大量印刷，使得人們能夠透過自行閱讀聖經來理解教義，不一定要依靠教士們的解說和詮釋，思想的傳播因此更為快速。除上述思想的轉變問題之外，教會還得面對更棘手的狀況。中古時代，教皇透過滿佈歐洲的教會組織，可以直接或間接操縱歐洲各國的政治，因此教皇可說是當時歐洲最有權勢的領袖人物。但隨著工商業的發展，城市興起，以工商業者為主的中產階級希望透過與王權的合作，掃除各地封建諸侯所產生的經濟發展障礙。因此，在中古後期，歐洲的民族國家逐漸興起，例如英國、法國、西班牙、葡萄牙等都是在這樣的背景下而起來的新興國家。受到歐洲城市新興中產階級支持的世俗王權，愈來愈難以忍受教會的操縱與，常與教會發生衝突。例如︰十一世紀起，教會和神聖羅馬帝國就因為義大利北部的歸屬問題，彼此爭戰不休，衝突不斷，延續三、四個世紀；十二世紀時，英王亨利二世（Henry Ⅱ）也因限制教會權力而與坎特伯里大主教（Archbishop of Canterbury）貝克（Thomas Becket）發生衝突，後來，貝克遭人謀殺，引起軒然大波；到了十四世紀，法王菲利普四世（Philip Ⅳ）也因為教會財產徵稅、教士有罪須受政府法院審判等問題，而與教皇鮑尼法斯八世（Boniface Ⅷ）發生衝突。真正讓各國覬覦的是數百年來教會所累積的財富與廣大的田產，而教會法庭的存在更是嚴重妨礙各國司法的獨立。因此，為了追求國家在政治的統一、經濟上的自主與司法上的獨立，世俗政權必然與教會的勢力發生衝突。

十九世紀，天主教再度來台傳教。當時的社會事業只有孤兒院一項。是由郭德剛神父於1866年派傳教員嚴振(另有一說其名為嚴超)到台南辦理孤兒院，收容孤兒，並花錢雇用乳母哺育年幼嬰兒。一年後有六十多個孤兒入院。而後遭遇動亂，南移高雄。1875年彰化羅厝也成立孤兒院。

日治時期，基隆地區因工商發達，也連帶地刺激了宗教大事─中元祭典的擴大。基隆工商業的發達，與煤礦的開採和基隆港的築港帶來的龐大商機和人口遷入有關。日治之前，基隆為一漁村發展遲緩，日人領臺初期人口僅為7000多人，但基隆港進行築港工事後，加上市區改正的實施，伴隨著港市發展人口遂逐年增加，1905年人口增加一倍為14000人，尤其是煤礦和水產業更加發達後，因為貿易的增長人口也跟著激增。當時商業活動可分為兩大類：一為外貨批發商，多為日人所經營；一為貨品零售商，多由臺人經營，產業則以工、礦和水產業為主，以工業的產值最高，漁業和煤礦則是基隆的兩大特色產業。日治時期商業團體之所以與宗教密切結合，原因之一當然是因為景氣佳，有錢資助宗教活動，藉著參與之便，不僅可以打響商家知名度，還可藉機宣傳商品。另一方面，有人氣就會聚集買氣，趁著宗教活動時的人潮，順便發筆小財，這也是日治時期基隆的中元祭典如此蓬勃興盛之故。當時基隆地區參加中元祭典陣頭遊行的隊伍，除了傳統的寺廟子弟陣出團，或主普、贊普外，市區各商號也會盛情參與，不僅會在陣頭、鏽旗或行頭上極盡奢靡，還有廣告宣傳，跟各種噱頭，主辦單位有時為求祭典豐富有趣，甚至會舉辦陣頭比賽，讓參加者更加瘋狂投入陣頭競賽。如《臺灣日日新報》上所報導，負責陣頭的爐主要出陣之前，都會事先向各郊行團體鼓吹贊助，希望能夠錦上添花更勝以往，從報導中也可以看到參家陣頭的商家，有東瀛郊及本島人運送店團、水產仲賣團、商船組、郵船組、市場魚菜商等，利用藝棚長閣及新鮮有趣之廣告想出奇致勝。參加宗教慶典的另一個目的，當然是可以藉機打廣告，宣傳自己的產品，例如，臺北麥酒會社即裝飾自動車三台參加遶境，沿途灑一千張麥酒引換卷(啤酒兌換卷)，每張可兌換麥酒(啤酒)一瓶，除了助興之外，還可以宣傳自家的產品。在當時，日人對於臺灣人對民間賽會之極度鋪張奢靡，往往不以為然，在許多場合都宣導迎神賽會的節約或儉樸，且因中元普渡有礙衛生，消耗鉅費，常有廢止中元普渡，或是力勸各主普及柱首節省爐費的言論，只是對於臺人來說似乎效果不大。甚至1921年由臺灣知識份子創立的臺灣文化協會，因標榜「謀臺灣文化向上」，而對臺灣傳統宗教活動和迎神賽會大加批評，認為那是迷信的產物，認為因神明祭典而大加鋪張，是奢侈浪費的行為，且拜拜時供奉的祭品，因烈日高度曝曬而衛生堪慮，但都無法影響臺灣人對迎神賽會、祭典普渡的愛好。

遶境進香活動的序幕是從元宵節揭開，在農曆元月十五日元宵節晚上「擲筊」確定進香出發日期和時辰。大甲媽祖進香的過程中，以「起駕」、「坐殿」、「祝壽」、「割火」、「插香」、「回鑾遶境」、「添火」構成進香活動七部曲。花八天七夜以徒步方式行經台中、彰化、雲林、嘉義四個縣，十五個鄉鎮，六十多座廟宇，全程約二百七十九公里。 第八天媽祖回駕大甲鎮瀾宮，是遶境活動最後的高潮，進香團們進入了大甲市區，會在各街道遊行，當天大甲居民也會準宴請親朋好友，所以媽祖回駕是大甲鎮最熱鬧的一天。大甲媽祖的進香活動，除了徒步外，各種交通工具都派上用場，如自行車、三輪車、貨車、轎車、遊覽車等。尤其是自行車隊，要求謹嚴，隊員一律穿制服、手戴白手套，是「進香示範隊」。每天在媽祖神轎停留的廟宇前組成隔離牆，方便大轎班行禮入宮停駕，可說是媽祖的「鐵衛」。遶境進香隊伍有「天上聖母」神轎班、轎前吹、三十六執士、哨角隊、神童團、太子團、彌勒團、福德團、繡旗隊、頭燈、頭旗等陣頭，來自全國各地的信徒自行組成，隨同「天上聖母」遶境進香。隊伍中造型最特別的就是進香團的急先鋒—報馬仔，他頭戴斗笠，身穿羊毛襖，左腳穿草鞋，腿上還貼著臭皮膏藥，捲起褲管赤腳走路，左手拿著長長的涼傘、掛著豬腳和韭菜走在隊伍的最前面，沿途敲鑼通知居民準備香案迎接媽祖，負責察看前方路境是否安全，隨時回報路況。報馬仔的滑稽裝扮在熱鬧的遶境隊伍中令人留下深刻的印象。清雍正八年（1730年）福建省莆田縣湄洲林永興，自湄洲祖廟奉請天上聖母神像來台，在大甲定居，當時很多人們虔誠信奉湄洲媽祖，紛紛前來參拜，聖蹟靈驗。地方人士見香火鼎盛，徵得林氏同意，於雍正十年興建小祠奉祀。在乾隆三十五年(1770年)，改建為「天后宮」。乾隆五十二年(1787)，地方人士發起獻地重建，並且正式定名為「鎮瀾宮」。清朝時期鎮瀾宮有湄洲進香的活動，大約每二十年就會號召信徒一起到湄洲進香。當時是從大安港搭船直接駛往湄洲，這項活動一直延續到日治期間，大安港廢港，總督府嚴禁台海兩岸往來，湄洲進香的活動也就停頓了下來。後來，因北港朝天宮供奉聖父母(媽祖的父母) ，鎮瀾宮改往北港進香。民國七十七年，鎮瀾宮董監事會決定，改往嘉義新港奉天宮，取消了最具神秘的刈火香擔，純粹遶境與進香而已，活動名稱由「北港進香」改為「遶境進香」。

宗教改革期間，新舊教徒尚不知寬容，常藉異端之名，彼此迫害，再加上各國間複雜的政治關係與利益的糾葛，致使歐洲在十六、十七世紀間戰爭不斷，這些戰爭也常披著宗教的色彩。例如：西班牙為了保護其與美洲之間的貿易獨立地位，派遣「無敵艦隊」征英，便是以捍衛舊教，討伐新教為名。最慘烈的一場宗教戰爭莫過於「三十年戰爭」。三十年戰爭一開始只是神聖羅馬帝國內部的新、舊教爭執，起因於神聖羅帝國皇帝鎮壓境內的新教徒，激起波希米亞（Bohemian）新教徒的叛變，並意圖尋求獨立。後來丹麥、瑞典、法國等也都因為各自的利益而加入了戰團，最後竟演變成全歐洲的大戰爭。 西元1618年，信仰新教的波希米亞人民發動叛變之後，當時的神聖羅馬帝國皇帝斐迪南二世（Ferdinand Ⅱ，1619—1637）迅速派兵鎮壓，事後並迫害新教徒，下令廢止一切宗教自由。波希米亞戰爭的結果，讓英國、荷蘭、瑞典、丹麥等新教國家感到震驚，擔心舊教的勢力會因此而壯大，有意派兵干涉。丹麥在英國的支持下，在1625年派出六萬大軍，進軍神聖羅馬帝國。表面上，丹麥是同情神聖羅馬帝國的新教徒，實際上，爭取新領土才是丹麥出兵的主因。波希米亞貴族出身的華倫斯坦（Wallenstein）意識到這是一個攸關國家存亡的戰爭，乃自費招募軍隊，力阻丹麥侵略國土。1629年，兩軍講和，簽訂了「律貝克和約」（Peace of Lubeck）。戰事至此，舊教徒占盡上風，斐迪南二世趁勝追擊，頒佈一項法令：要求新教徒歸還在西元1552年之後所取得的教領地及教產。丹麥失敗後，西元1630年，因為對神聖羅馬帝國的勢力進出波羅的海同樣感到不安的瑞典，也組織了一支新教軍向神聖羅馬帝國宣戰。素有「北歐雄獅」之稱的瑞典國王哥斯塔夫阿道夫（Gustavus Adolphus）是位軍事天才，他以「步兵五列，騎兵四列」的新戰法大敗神聖羅馬帝國的軍隊，正當戰事順利推進之際，阿道夫卻慘遭大砲擊斃，瑞典軍情告急。為了支援友邦，原本在幕後支持的法國也派兵加入戰局。 法國雖然是典型的舊教國家，卻因為想要削弱鄰國—神聖羅馬帝國，進而擴大自己的政治勢力而一直默默地支持新教國家。當時的神聖羅馬帝國唯一強大的盟邦是西班牙，因為兩個國家的皇帝同為哈布斯堡家族成員，但西班牙本身的麻煩不少，征英之役失敗後，還得應付國內接連獨立的葡萄牙和荷蘭；雪上加霜的是神聖羅馬帝國皇帝斐迪南二世又在西元1637年駕崩，而且境內的新教徒早已明白這場戰爭是針對統治者哈布斯堡家族而來，因而紛紛宣佈中立。神聖羅馬帝國的舊教軍隊只能苦撐應變。 其實早從1644年以來，參戰各國的代表便在西發里亞地方開始討論如何結束這場大戰。談判內容主要是由法國主導，談判期間，打打談談，一直到1648年才正式簽訂「西發里亞條約」（Treaty of Westphalia），和約中最重要的意義是承認新、舊教同獲平等地位。

穆罕默德長年奔波於經商途中，受當時流行於阿拉伯半島上的猶太教、基督教和哈尼夫思想的影響，一神思想在他心中慢慢萌芽。穆罕默德在婚後，常常到麥加北方希拉（Hira）山上一個小洞哩，數日不進食，沉思冥想。據傳在他四十一歲這一年（西元六一○），九月（拉瑪丹月）十七日這一天，如同往日，他正在山洞中修行時，突然受到天使長加百列（Gabriel）的「啟示」，這個聲音對他說：「吟誦！」，一連催促了三次，接著又說：「你奉造物主之名念！他以血塊造人，你念吧！慈憫的主以筆教人，教人以其所不知道的。」當穆罕默德受到神啟返家後，把這一切告訴他的妻子赫蒂徹和她堂兄韋爾格，他們都相信他受到阿拉召喚，並支持鼓勵他宣教。赫蒂徹成為穆罕默德接受天啟後的第一位皈依者。最初穆罕默德只到他的親朋好友家中秘密傳教。直至三年之後才公開傳教，宣揚末日審判、死後復活、禁止偶像崇拜，並提出行善濟貧者入天堂，作惡者進火獄等教義。隨著信徒越來越多，穆罕默德宣揚的教義，已經衝擊到麥加古來氏貴族及偶像崇拜者的經濟利益，為此穆罕默德還曾在街上受到公然嘲諷及威脅。西元622年，穆罕默德和信徒，趁著無月的夜晚逃出麥加，歷經十天，安然抵位於麥加北方300多公里的綠洲雅斯里布（Yathrib），此稱為「希吉拉」（Hegira），有「遷徙」、「出走」之意，西元622年也為伊斯蘭教紀元元年。綠洲雅斯里布後來成為世界聞名的麥地那，意為先知之城。麥地那當地受猶太人影響，早有一神教的思想基礎，而在歷史上他們對麥加具有敵對的態度，這些因素促成了他們接受穆罕默德的新宗教。穆罕默德在麥地那確立宗教首領的地位，也成為政治首領。他開始建立武裝組織，確立各種制度和律例，建立了政教合一的宗教組織－穆斯林公社，打破固有傳統氏族血緣關係、部族關係和宗主關係的約束，組成了以宗教信仰為核心的聯盟組織。遷往麥地那後，穆斯林不斷與麥加的貴族和麥地那的猶太教爭戰，這一連串的「聖戰」確立了伊斯蘭教和一神阿拉信仰。西元630年穆罕默德率領萬人部隊佔領麥加，麥加貴族皈依了伊斯蘭教，並承認了穆罕默德的權威。穆罕默德走到麥加的克爾白神殿，觸摸黑石，並按規定繞行七周，命人摧毀偶像，此處也成為伊斯蘭教世界的中心。穆罕默德返回麥地那後，身體日漸虛弱，於西元632年辭世。