一六八四年清廷將台灣納入版圖，並劃台灣為一府三縣，隸屬福建省。此時清官員便發現，台灣山林盛產樟樹，而樟木是造船最好的原料之一，因而在一七二五年時，閩浙總督覺羅滿保奏請台灣水師戰船在台灣設廠修建，並採伐樟木以作為建造軍船的原料。一八二五年清廷在艋舺及恆春兩地分別設立軍工料館並兼辦樟腦事物，此時軍工匠除採伐樟木外，也生產樟腦，以作為工匠的資金補助。然而，清政府在領台後便下令封禁蕃地，禁止私入山林伐木製腦，但經常也出現因為樟腦利潤豐厚而甘冒風險犯法入山私煉樟腦的人。所以最初樟腦的生產是附屬於軍工料的生產，只有得到特許的軍工匠首可以生產，形成官方獨佔。台灣樟腦業的興起，主要乃是因應國際市場對台灣樟腦的需求。十九世紀初期時，英國商人便經常出現在台灣沿海一帶，進行樟腦與鴉片的走私貿易，而此時的交易多是私煎的樟腦。一八六０年台灣開港，樟腦成為開港通商後重要的出口貨品，而外商為降低成本、牟取更高利益，直接向製腦者收購。但樟腦專賣是台灣收入的主要來源之一，因而在一八六三年艋舺的軍工料館改為腦館並在新竹、大甲、後龍設立分館，外商需透過腦館及買辦來購買樟腦。所以一八六八年英商「怡記洋行」私購樟腦準備私運出口，而被清政府所查扣，英商前赴談判時，卻被襲擊，使得英國從香港出兵，引發「樟腦糾紛事件」。事件後取消樟腦官辦外商得以進入內地採買樟腦，進而主導台灣樟腦業的發展。事實上，在一八七五年沈葆楨來台進行「開山撫番」之前，法令上樟腦都是由軍工匠所獨佔；換言之，由軍工匠首生產，料館販售，其餘皆屬非法，但清廷早已無法遏止樟腦的私製及外商勢力的介入。一八八六年時，鑑於私煎樟腦容易產生爭端及蕃害，所以劉銘傳奏請將樟腦改為官辦，其收入用來作為開山撫番的經費。一八八七年時，設立腦務總局，並於產地設分局管理樟腦事務，生產的樟腦由腦務局收購，再賣給特許的商家，例如客籍人士蔡南生在大稻埕所開設的恆豐號商行。然而，國際間對樟腦的需求增加，私煎樟腦無法遏止，並且這樣的措施遭到外商強烈的抗議，所以到了一八九０年，樟腦專賣再度廢除。清末台灣樟腦的產量已位居世界第一位。清政府兩度實施樟腦專賣制度，主要便是想藉由樟腦的稅收來增加財政收入。然而，兩次都因為外商的反對與糾紛而終止專賣。外商憑藉列強的政治勢力為後盾，並以優勢的資金為支柱，入山採購樟腦，進而獨佔台灣樟腦的經銷權。