由於這一時期中醫辦學教育僅屬於起步階段，有關教學上許多問題如經費來源、課程設置、學科建設、師資培訓、適應臨床教學需要等等，仍存在許多要改進之處。不但中國不一致、各唱各的調，而且辦學方向與學校本身的經營也經常出現問題。例如1917年張山雷在浙江創辦的蘭溪中醫專門學校，即未獲教育部或內政部的承認，因此辦校經費拮据，幸好有中醫界人士的幫助，才勉強撐至中日戰爭爆發後。還有1919年創辦之山西中醫改進會創辦的醫學專門學校，其經費也是要靠當地軍閥閻錫山資助才能維持，而且1933年眼見西醫勢力日大，竟然直接轉型成西醫學校，顯見中醫維持其辦學理念之艱困。