清代初期，清政府一面採取高壓政策，一面施以籠絡手法，藉此想消弭知識分子不滿情緒，奠定統治基礎。書院雖然是獨立於官學以外的教育組織，政府原本不應介入管理，但是因為明代書院具有自由講學、諷議朝政的功能，所以清初諸帝面臨這樣的歷史教訓，乃對書院採取抑制發展的政策。清政府為了避免書院聚徒講學，會危及統治的穩定，所以曾規定：「不許別創書院，群聚黨徒，及號召他方遊食無行之徒，空談廢業」。張居正以「空談廢業」為理由，在明代進行禁毀書院行動。清朝政府雖也提到此一原因，但清廷顯然將焦點放在群聚黨徒一事，避免人民結黨，遂行反清復明活動。清朝政府雖然不許人民創立書院，但因為書院內尚有祭孔等活動，與清政府尊孔的文化政策相符，所以在禁止創立新書院的同時，並未取締舊書院。不過在這樣的氣氛下，原有的書院因此處於沉寂、廢棄的狀態。清初書院發展不順的情況，到了康熙年間(1662-1722)開始變化，康熙帝雖無意鼓吹創建立書院，但卻主動為舊書院進行賜書、賜額，例如頒賜御書匾額「學達性天」給嶽麓書院、白鹿洞書院；賜頒「學道還淳」匾額給蘇州紫陽書院；另外杭州萬松書院也獲得御賜匾額。可見清朝政府對書院的態度已經有了改變。總而言之，清初的書院發展具有以下二個重要特徵：第一，官學化的進程尚未展開，大多數的書院是以個人名義創立；第二，區域文化色彩濃厚，以江浙、關中、河南、河北一帶發展最為鼎盛。