1988年3月12日，台灣環境保護聯盟、婦女新知基金會、主婦聯盟、台大環保社等團體發起送樹到林務局，揭開台灣生態保育運動的序幕。1989年3月12日，環保聯盟與綠色和平組織結合各環保團體以「林務局改制為工務預算單位，國有森林禁伐10年，森林管理回歸中央一元化」為訴求，在台北國父紀念館進行「搶救森林活動」示威遊行。1989年7月10日林務局改制為工務機關，同時宣佈停止砍伐天然檜木林4至6年。1990年3月12日，環保聯盟、主婦聯盟、綠色和平組織、新環境基金會等於林務局展開植樹節祭樹活動，並宣讀「1990年台灣森林保育宣言」：畫出全台灣殘存無幾的原始森林為保育區，並立即無限期禁伐；立即推動長期的動物與森林互動關係研究，建立台灣各地區森林生態系；確定尊重鄉土與自然的理念，立即停止林相變更計畫；立即推動森林重回大地計畫擴展，綠地面積以取代冰涼冷酷的水泥等措施。1998年12月27日，全國各環保團體舉辦「為森林而走」大遊行，目的在搶救棲蘭山林區檜木林；同年12月31日，台北、基隆、宜蘭、花蓮、台中、嘉義、台南、高雄等，同時舉行森林祈福守夜晚會，呼籲搶救棲蘭檜木林，並迎接「1999森林文化年」。1999年5月21日，監察院通過對退輔會和農委會糾正案，然是否成立棲蘭檜木國家公園仍在爭議中。1973年6月亞洲水泥申請租用花蓮富世、秀林山地保留地，1983年台塑有意在花蓮崇德興建水泥廠，引發學界與業界之爭論。1983年4月8日李登輝總統於巡視花蓮同時表示，花蓮產業落後，需要水泥廠設立，環保聯盟於4月11日發表「發展『與環境和生命相容』的產業」對『李登輝總統關於花蓮縣產業發展的意見』之聲明」，強調：發展「與環境、生命相容」的產業，配合地區自然環境和人民創造利作永續而有意義的經營活動。1990年6月歐菲莉颱風造成花蓮銅門村上游土石流使得下游遭土石埋沒曰3.7公頃房舍全燬24間半燬11間29人死亡6人失蹤及財物嚴重損失。1995年11月26日，環保聯盟花蓮分會於花蓮市舉辦「反台泥大遊行」，主要乃針對經濟部強行動工興建「花蓮和平水泥工業區」及台泥擴建三號窯廠的計畫。1997年12月台泥完成擴廠。1992年11月，行政院核定興建高雄美濃水庫，雖然此計劃將滿足南部地區至2021年公共給水，然美濃當地人士基於法制結構、文化背景、國際趨勢、環境保護、水庫安全、水庫效益等反對興建計畫。1994年4月美濃環保人士乃組成「愛鄉協進會」隨即舉行反水庫誓師大會，並上立法院提出陳情。1994、1995、1996年成功爭取預算刪除，但1998年4月16日行政院宣布「美濃水庫一年內興建」，同年5月31日，美濃反水庫大聯盟於美濃國民中學成立；1999年4月，美濃反水庫大聯盟與愛鄉協進會帶著72位當地民意在立法院前抗議，經濟及能源委員會依舉刪除2億5千萬元預算，1999年5月28日在國民黨團強力動員下在翻案通過此預算案；直到2000年政黨輪替後，中央與地方達成反對興建美濃水庫的共識。