1885年3月，法軍輕易地佔領澎湖群島。不久，安南的法軍因諒山之役大敗，戰情告急。4月，孤拔接獲急電，指示其立即增援東京，並撤離臺灣，僅以五百人佔領澎湖群島。此外，另保留五百人，以備隨時佔領山東煙臺或廟島列島。換言之，由於安南戰局不利，臺灣北部又久攻不下，法軍改採控制海島、封鎖海路的戰略。孤拔著手臺灣撤兵事宜，不久，再接獲政府訓令，指示因停戰及議和的協約草案成立，必須解除對臺灣的封鎖，惟正式條約簽訂之前，仍宜繼續駐兵臺灣。4月15日，法軍解除封鎖臺灣，臺灣西海岸的燈塔陸續重開。根據6月9日正式簽定的中法和約第九條，法軍於6月21日及7月22日分別撤出臺灣和澎湖前，法國一直佔領著臺灣的東北地區和澎湖群島。