1884年9月，孤拔為了完成佔領基隆的任務，在襲擊福州之後，親自前往基隆調查。其後，向法國政府提出建議，主張攻佔基隆並不實際，應轉攻華北一帶。其理由為若有意奪取臺灣，澎湖的港灣是較佳的軍事據點，若要征服臺灣，則必須增加三倍以上的兵力。然而，法國政府仍堅持佔領基隆，孤拔不得已下令進攻臺灣，並將艦隊一分為二，一隊由利士比統領攻打滬尾，另一隊由其親自帶領攻打基隆。10月1日，法軍在基隆方面順利登陸，清軍雖然一度被迫後退，隨即穩住陣地。正當兩軍僵持不下時，劉銘傳接獲利士比艦隊進攻滬尾的消息，在擔心臺北大本營的安全下，不顧各部屬反對，立即調大軍救援滬尾，僅留曹志忠所屬部隊三百人和林朝棟所率臺灣民兵鎮守要衝獅球嶺。法軍遂在毫無抵抗的情況下，佔領基隆市街，隨後，試圖佔領要衝獅球嶺以控制煤礦區，亦被守軍阻止，未能成功。2日，法軍發動滬尾之役，不如預期順利。法軍雖排除沿岸砲臺和障礙，但礙於兵員調度和天候等問題，登陸作戰遲至8日才進行。在砲火掩護下，登陸艇順利地靠岸，法軍輕鬆登陸，並向應該避開的樹林前進，遂給了埋伏其中的清軍突襲的好機會。劉銘傳告誡諸將：「待彼薄我而後戰。」結果，清軍以人數上的優勢向法軍衝殺。儘管法艦企圖以砲火阻止清軍的攻勢，但在孫開華所率軍隊不支時，章高元、劉銘傳等援軍到來，清軍士氣更高。法軍不得不撤退至海濱，法艦則開砲掩護剩餘法軍登艦，不料慌亂之中，二艘小法艇竟遭擊沈，法兵被擊斃數名。法軍受傷49人、死亡17人，合計66人；清軍死亡80人、受傷200人。滬尾之役重挫法軍的士氣，連孤拔也視滬尾為畏途。因此，儘管法軍在基隆取得部分的成果，反而牽制法軍兵力，且無法影響清廷的態度。由於未能成功佔領淡水，法軍轉向思考封鎖臺灣。