甲午戰後，清朝付出了二萬萬兩的鉅額賠款。光緒二十七年的清廷與八國聯軍簽訂辛丑和約，清廷又賠償白銀四萬萬五千萬兩。鉅額的賠款造成清廷財政困難，無力發展造船事業。甲午戰後到宣統退位（1895-1911）十六年間，江南製造局、福州船政局僅建成「福安」運船，「吉雲」拖船，「建威」、「建翼」、「建安」魚雷快艇，「甘泉」、「安豐」、「聯鯨」、「澄海」四艘砲艇。造艦數量與種類皆遠不如甲午戰前。宣統元年，清廷成立巡洋艦隊與長江艦隊，以程璧光為巡洋艦隊統領，沈壽?為長江艦隊統領。次年（宣統二年，1910）並以薩鎮冰為海軍統制（海軍總司令），重新統一了海軍的體制與編組。宣統三年（1911）辛亥革命爆發，清廷命薩鎮冰率巡洋艦隊、長江艦隊至武漢，配合北洋陸軍鎮壓革命軍。然而，長江、巡洋艦隊艦艇陸續於上海、鎮江等地投向革命軍，薩鎮冰見大勢已去，出走上海。「海籌」、「海容」、「海琛」等艦在海籌艦長黃鍾瑛率領下向革命軍投降，清朝的海軍至此終結。