民國34年(1945)8月15日日本裕仁天皇宣布無條件投降，8月31日，中華民國政府即頒布「台灣省行政長官公署組織大綱」。9月1日，台灣省行政長官公署在重慶正式成立臨時辦公處。9月20日，公佈「台灣省行政長官公署組織條例」。10月17日中華民國陸軍第七十軍已抵達基隆，10月25日於台北公會堂(今日之中山堂)舉行中國戰區台灣省受降，同日行政長官公署開始在台運作。由於民國33年設立之「台灣調查委員會」早已規劃《台灣接管計畫綱要草案》，認為應就原有之州廳改組，將街庄改為鄉鎮，故1945年台灣省行政長官公署僅將台灣全省分設8縣（台北縣、新竹縣、臺中縣、台南縣、高雄縣、花蓮縣、台東縣、澎湖縣）、9個省轄市（基隆市、台北市、新竹市、臺中市、彰化市、嘉義市、台南市、高雄市、屏東市）與2個縣轄市（宜蘭市、花蓮市）。金門隸屬於福建省金門縣、馬祖列島則分屬於福建省長樂縣、連江縣、羅源縣。烏坵隸屬於福建省莆田縣、東沙島與南沙太平島隸屬於廣東省。二二八事變過後，行政院會議決議撤銷台灣省行政長官公署，改組為台灣省政府，之後，除於民國37年(1948)將原屬廣東的東沙島與南沙太平島改隸於海南特別行政區外，台灣本土的行政區劃並無太大更易。直至民國38年(1949年)12月國府正式遷都台北，為配合中央政府機關進駐，及改善八縣九省轄市的行政空間不均問題，再次調整區域規劃。首先將北投鎮、士林鎮自台北縣分出，而隸屬於草山管理局，次年8月，台灣省劃分台北、基隆、臺中、台南、高雄等5個省轄市，及台北、桃園、新竹、苗栗、臺中、南投、彰化、雲林、嘉義、台南、高雄、屏東、宜蘭、花蓮、台東、澎湖等16個縣，草山管理局於3月先行更名為陽明山管理局。由於受戰爭的影響，中華民國的轄區在數年間有很大的變化，一方面浙江大陳島的完全撤退，使中央政府喪失了名義上統領浙江的最後堅持；另一方面，將金馬改為戰地，金門縣政府改由金門戰地政務委員會領導，烏坵由金門縣代管；馬祖列島三縣合併為連江縣，連江縣政府由馬祖防衛區戰地政務委員會領導，使其脫離與福建的聯結，成為「反共前哨」，而福建省政府虛級化遷至臺灣省臺北縣新店市。至民國45年(1956)12月，台灣省政府由台北市遷至南投縣南投鎮中興新村。