時間：明治28年(1895)8月—明治29年(1896年)3月設置：一縣二民政支部一廳--台北縣、台灣民政支部、台南民政支部、澎湖島廳原委：明治28年8月(1895)台灣總督府終於針對新竹以下的台灣無法順利接管的問題，宣布除台北縣與澎湖島廳維持原狀外，其餘二者由縣改為民政支部，以利推行軍政。台灣的行政體制改為一縣一廳二民政支部，原民政部門所屬的戶籍人事等權均落入軍方之手，企圖透過事權統一能快速掌控全島局勢。在此原則下，台北縣下轄四支廳不變，台灣及台南民政支部共轄九出張所，前者管苗栗、彰化、埔里社及雲林、嘉義(1895年11月歸屬台南)，後者掌理安平、鳳山、恆春及台中五出張所。時間：明治29年(1896)4月—明治30年(1897)6月設置：三縣一廳--台北縣、臺中縣、台南縣、澎湖島廳原委：至明治29年(1896)4月，總督府評估全台民情趨於穩定，決定重新施行民政，恢復三縣一廳，台北縣及澎湖廳不變，改臺灣民政支部為台中縣。改台南民政支部為台南縣，這也是台中這個名詞首次出現，另外，所有出張所，也全部調整為支廳。時間：明治30年(1897)6月—明治31年(1898)6月設置：六縣三廳--台北縣、新竹縣、宜蘭廳、臺中縣、嘉義縣、台南縣、鳳山縣、台東廳、澎湖廳原委：明治30年(1897年)5月，乃木希典總督因為現有之三縣一廳的轄區過大，且易受到山川阻隔，交通不便，政令傳達大受影響之故，有縮小行政區的舉動。將台北縣下原屬清宜蘭縣的部分設立宜蘭廳；合清領末期新竹縣與苗栗縣設立新竹縣，北台分為三縣。台中縣名不變，但轄地縮減，因為另將原嘉義支廳的範圍擴大至包括大部分的雲林地區，設嘉義縣；南部地區也重新規劃，依原清領時期疆界，析原鳳山縣和恒春縣設立鳳山縣，將原台東州設立台東廳，駐卑南（原台東州駐地）。再改澎湖島廳為澎湖廳。縣廳之下屬機構也廢掉支廳系統，改為辨務署，台北轄十三，新竹轄七，台中十五，嘉義十四，台南掌六，鳳山十一，至於宜蘭、台東、澎湖三廳共轄12辨務署。並且配合警察署、撫墾署在各地的設置，以普設灘頭堡的方式制止反抗，利於統治台灣。