光緒9年(1883)中法戰爭起，此時清廷已深知台灣地位之重要，於次年閏5月派劉銘傳到台灣籌辦防務，嗣後不久，法軍曾攻打雞籠、滬尾，並攻陷澎湖，光緒11年2月中法雙方停戰，同年9月5日慈禧太后諭令將台灣別建一省，其後並任命劉銘傳為首任「福建台灣巡撫」。光緒14年(1888)元月臺灣巡撫關防正式啟用。劉銘傳於光緒13年(1887)即以「建置之法，以形勢為先；制治之方，以均平為要」，而「轄境太廣，則耳目難周；控制太寬，則聲氣多阻」，希望用轄區地界大致均平與縮小轄境為調整原則，故他建議：以彰化橋孜圖地方為省城所在地，劃彰化東北為台灣府，將原有之台灣府改為台南府，在濁水溪及石圭溪之間，加設雲林縣；又劃原新竹西南地區添設苗栗縣，此二地加上原有的彰化縣和埔里社廳，合為台灣府轄地，並裁鹿港同知；淡水以北至三貂角一地，距城過遠，故將淡水東北四保之地撥歸基隆廳管轄，並將有通判之職改為撫民理事同知，以重事權。後山地區加設台東直隸州，北至宜蘭，南至恆春，並將卑南地區劃入。台灣文職機關經光緒十三年的大幅調整之後，全台共分為台北、台灣、台南三府和台東直隸州。台北府下管轄淡水、新竹縣、宜蘭縣和基隆廳；台灣府下管轄台灣縣、苗栗縣、彰化縣、雲林縣和埔里社廳；台南府下管轄安平縣、嘉義縣、鳳山縣、恆春縣和澎湖廳。然而，此之改制雖以均平和縮小轄境為原則，但依然沒有人口與面積的具體標準，還是以自然環境而非人文地理為劃分準繩。這次台灣行政區劃的調整，其實確定了整個台灣的府縣架構，時至今日，台灣行政區域的架構，仍以此為基礎，再加上劉銘傳主政期間銳意推動北台的建設，加上開港通商後，北台已成為茶及樟腦的重要出口地，加之以交通、財政、撫墾和磺務的建設與開發，台灣北部開始迅速發展，終於成為日後政經中心，漸至無法替代的局面。