傳統水利的水質污染問題除優養化外，上游水庫及攔沙壩使砂石無法沖刷至下游，加上對灌溉水源的控制，以及沿圳污水的排放，導致水質急速惡化。以嘉南大圳的灌排圳路為例，據1967年的調查報告指出，該區的圳路水質較臺灣其他地區而言，已有惡化的現象，雖在可用灌溉的標準內，但化學成分含量已偏高，枯水期水質惡化更嚴重，已不適合灌溉。圳路的污染源主要來自工業和家庭廢水，會對農作物產生損害，包括作物減產、毒質累積、急性枯萎和圳道淤積等情形， 傳統發揮具有極大灌溉之利的水圳如?公圳，在工業化和都市化後，給人的印象很可能只是條臭水溝罷了。