清廷規定書院教育之宗旨，主要在「導進人才，廣學校所不及。」另鑑於官學之不足，嘗試以書院作為府州縣學的上層遞補學校。換言之，書院教育宗旨之高，更在一般官學之上。臺灣書院為達上述目標，多有訂出若干學規：一、明大義：即明瞭君臣之義。二、端學則：即遵守白鹿洞學規之「居處必恭、步立必正、視聽必端、言語必謹……；讀書必專一、寫字必楷敬、凡案必整齊、堂室必潔淨。」三、務實學：在求明禮達用，養成深厚凝重氣質。四、崇經史：強調六經為學問之根源，讀書人不通經則不明理。五、正文體：文體應取程、朱之理，先正先賢之法。六、慎交友：必須以文會友、以友輔仁。清領時期臺灣書院，精神上繼承宋明書院之理學而來，著重讀書人品格之涵養，並兼治經史詞章。大體上，臺灣書院教育目標崇高，除世俗之「習舉業」宗旨外，隱含成聖教育之理想，讀書人多以「學聖賢」為第一等要事。為使成聖教育理想的具體化，官學多設孔廟於內，其目的在使士子於書本之外，透過潛移默化變化氣質。書院則多祭祀先賢，臺灣由閩人設置之書院多崇祀朱子或宋儒，粵人設置之書院則祀韓愈。此外，也有崇祀文昌帝君或倉頡者，另名宦、鄉賢常列入從祀之列，這些人從祀的理由，除有功臺灣之文教之外，主要在於人格涵養值得後人學習仿效，而這正符合書院人格教育第一之宗旨。