明代開國一百多年期間，一則由於統治者將重心放在興辦科舉與提供官學方面，二則一般知識分子被官學與科舉的前程與待遇吸引，導致書院發展緩慢，書院教育也較為沈寂落寞。直到成化年間（成化元年、1465年）以後，書院又逐漸興起。特別在嘉靖年間（嘉靖元年1521年），書院的發展達到極盛。當時以王守仁、湛若水為首的理學家，廣泛於各地興建書院，分別形成「姚江心學」與「江門心學」。替明代書院教育，奠下相當重要且深遠的基礎。明代政府於中葉以後，書院曾數次遭遇毀禁的命運，其中兩次發生於世宗嘉靖年間，一次發生於萬曆年間，由張居正主導，盡改各省書院為公廨，當時雖遭遇相當大的阻力，對書院教育卻是一大傷害。天啟年間（1620年）以後，又因東林黨爭問題，權宦魏忠賢下令禁毀首善書院、東林書院、虞山書院、關中書院等。東林黨人如楊漣、左光斗等人被迫害致死。崇禎以後，魏忠賢被黜，先前被毀禁之書院，紛紛恢復設立，但規模作用已大不如前。清人以異族身分統治中國，對書院最初採抑制發展之政策。康熙年間，慢慢轉為提倡鼓勵書院的發展。到道光十九年（1839年）鴉片戰爭爆發前，中國大陸各地陸續興建許多書院，其中新建書院中以阮元之杭州詁經精舍與廣州學海堂最有名，這兩個書院學堂，主要是專研經史辭賦的教育與研究機構。鴉片戰爭後，新式書院紛紛出現，教學內容出現經世致用之實用學科。此外，外國傳教士於中國亦設立主辦若干書院，如福州格致書院、上海清心書院、蘇州存養書院等。