由於巴黎大學在其成立的前身聖母院主教學校時，即有許多重要哲人於此討論有關神學的問題，其中以阿伯拉德 (Peter Abelard 1079?1142)更為傳奇，阿伯拉德獨特的「不要盲信權威」、「理性先於信仰」等主張引起極大的反彈及討論，也將巴黎討論中心，從聖母院帶到聖熱那維埃夫修道院(St. Genevieve)，更吸引無數的學生，這也是巴黎大學能成立的背景之一。由此可知，巴黎大學成為學者爭論宗教及哲學問題的重要據點。先是學者於此討論回教哲學家亞維斯納和亞維洛伊對亞里斯多德的學術闡釋，後來道明會與方濟會亦於此引發了經院哲學大論戰，使巴黎大學成為名副其實的「哲學家之城」（Civitas Philosophorum）。