戰國時代以前，武士大都居住在農村，且多從事農業，身分上並無士農之分。豐臣氏統一之後，集武士於城下町，居住農村者多屬農民，士農乃告分離。德川幕府承此政策，區分武士為統治者，農民為被統治者。兵農分離政策的推行，隨著商業、手工業之集中於城下町，將農民束縛於土地上的情形愈益加強。1643（寬永20）年，幕府原則上禁止農民轉售土地。同時，將農民束縛於土地的措施趨向法制化。封建社會以農業生產為中心，農民以自給自足的生活為原則。幕府為了維持自耕農（本百姓）的經營，防止其沒落，確保年貢的徵收，採取儘量使耕地面積與勞力均衡的政策，於1643年頒布「田地永久禁售令」，禁止自由處分田地。復於1673（延寶元）年，發出「分地限制令」，以防止土地買賣或分產所造成農民的沒落或耕地的分割。幕府與各藩為加強其統制，維護社會秩序，制定了士農工商的身分制度，使各自的職業固定化，並在農工商之下，置「穢多」、「非人」等賤民身分。統治者武士可許其稱姓、佩刀，對農民或町人的無禮，武士亦享有殺無赦（先斬後奏）的特權。武士之間，上自將軍、大名、旗本，下至武家奉公人（傭人），均定有嚴格的上下隸屬關係，要求對主人的絕對忠誠。農民與居住街上的工商業者町人之間，上下的秩序禮儀亦極嚴密。