繼1980年代黨禁的突破、解嚴、開放報禁及1991年終止動員戡亂後，為了解除憲政問題爭議，朝野進行多次修憲，就其內容而言，重要的有：政府遷台後，為了維護法統，一直未開放中央民意代表的改選。1960年代後，為解決台灣地區人口增加及老代表凋零身故等問題，曾於1969年舉行中央民意代表增補選，1972年後制定定期改選的增額中央民意代表制度，但名額甚少，無法解決「萬年國會」代表性及正當性不足問題，民間要求全面改選呼聲愈來愈高。民進黨成立後，繼續呼籲中央民意代表全面改選，當局則想以充實中央民意代表席次及資深中央民意代表自願退職方式來改革國會結構，但自願退職情形不理想。1990年6月，大法官會議通過第261號解釋，第一屆中央民意代表應於1991年12月30日前終止行使職權，並由政府適時辦理全國性第二屆中央民意代表選舉。據此政府於1991年底全面改選國民大會代表，次年全面改選立法委員，監察院則改為準司法機關，中央民意代表全面改選始告完成。政府遷台後，實施多年的地方自治因「省縣自治通則」在立法院二讀後遭擱置，故改以行政命令做為推動的依據。1992年第二次修定的憲法增修條文中，賦予地方自治明確的法源基礎，並且開放省市長民選。據此，立法院於1994年通過及，台灣的地方自治正式進入依法實施的時代。同年年底，舉行第一屆省長、台北市長、高雄市長選舉。其後因中央政府與省政府在機關、人力及功能上多所重疊，1997年再次修憲，凍結省級地方自治的選舉，精簡省政府組織。據此，立法院於1999年制定，取代原本及。在原本體制下，國民大會代表代替人民選舉總統、副總統，1990年3月為抗議國民大會濫權，引發「三月學運」，要求解散國民大會。6月底朝野舉行國是會議，達成對總統選舉方式改變的共識。其後總統直選呼聲日漸高昂，不僅民進黨如此主張，國民黨內也出現支持呼聲，因而促成1994年的憲法修正案，確立總統直選。1996年3月23日在中國飛彈的強力威脅干擾與國際媒體關切的氛圍下，舉行第一次總統直選，國民黨候選人李登輝、連戰當選總統、副總統，台灣正式走入由人民直接選舉決定執政者的新時代。