由於經濟發展、知識和技能推陳出新、民眾的醫療知識和就醫形態轉變等因素，今日的醫學系畢業生固然已完成醫學教育的養成階段，但畢業後仍需進修教育或繼續教育，才能因應將來社會的變遷與醫療衛生系統的變革。透過進修教育與繼續教育的延伸，將教育培訓與保持終身的職業能力統合起來，以學習新理論、新知識、新技術、新方法，藉以維持並加深專業醫療能力。近年來甚多醫學系畢業生繼續在國內或出國進修碩士及博士學位。研究所教育的功能，一方面是培養擔任醫學教育的師資及從事醫學研究的人才；另一方面，使醫學系畢業生對醫學機構的硬體化、高科技化、管制化等諸多轉變，能夠適應。因此，在醫學生的研究所教育課程中，除了研究醫療設備之進展及操縱尖端科技能力的訓練之外；對於醫療管理的訓練，以及人道性倫理化的臨床專科教學，亦是應該重視的課題。醫療管理的訓練以醫療體系的變革、全民健保的研究與教學為優先方案；臨床專科教學則是因應近年來社會的經濟與人口狀態改變、病症的多樣化、醫學專科化的趨勢之需求，在醫學教育中必須重視的問題。而目前 (2007年) 臺灣十一所醫學系都設有研究所，此外，長榮大學亦成立醫學研究所 (設置於健康科學學院，醫學系尚籌備中)。另與醫學相關的研究所更是不在少數。關於中國醫藥學的研究所，除中國醫藥大學之外，另有陽明大學傳統醫藥學研究所、長庚大學傳統中國醫學研究所等。上述各研究所，提供醫學系畢業生的進修教育，培養醫學教育的師資。目前臺灣有關的醫學研究所包括：醫學研究所、臨床醫學研究所、醫學科學研究所、生命科學研究所、醫務管理研究所、公共衛生研究所、行為科學研究所、傳統醫學研究所、衛生福利學研究所、環境醫學研究所、生物化學研究所、營養科學研究所、藥理學研究所、生理學研究所、微生物及免疫學研究所、免疫研究所、病理及寄生蟲學研究所、生物及解剖學研究所、解剖學研究所、神經科學研究所、寄生蟲學研究所、醫學工程研究所、病理學研究所、遺傳學研究所、分子醫學研究所、毒理學研究所等。