由於日治時期藥劑人員都在日本訓練，戰後返台者約七、八百人，無法滿足臺灣西藥市場之需求。杜聰明鑒於臺灣缺少藥學專業人才，認為醫藥專科畢業生的專業條件並不遜於醫藥學士，專科教育修業期限較短，於是在台北成立「私立臺灣醫藥專科學校籌備委員會」，以設立藥學專科學校為首務。但當時醫學教育政策以設立醫學士學位的醫科為優先，因此決定設立醫學院及醫科，再發展藥學系，遂將醫藥專科籌備委員會改為「瀛洲醫學院籌備委員會」，於1954年設立高雄醫學院，是台灣第一所私立醫學院，1999年改名高雄醫學大學。1953年杜聰明卸下臺大醫學院院長職務，著手籌辦私立醫學院，由於當時所有大學集中在臺北，高雄沒有任何大專院校，加以日治時期已有在高屏設立醫學專門學校的準備，因而倡議籌設醫學院於高雄市。1954年，獲得高雄前市長陳啟川捐贈位在今十全路的水田十甲作為校地，將「瀛洲醫學院籌備委員會」改名為「私立高雄大學籌備委員會」，正式成立「高雄醫學院」，杜聰明為第一任院長，陳啟川擔任第一任董事長，錄取第一屆醫科學生61名。高雄醫學院為第一所私立醫學院，也是第一所私立大專院校。該校成立之初借愛國國民學校開始上課，設六年制醫科，預科一年、本科四年、實習一年；1957年增設牙醫系及藥學系，並改為「七年制醫學士學制」。1958及1959年辦理「山地醫師醫學專修科」兩屆，每屆招收30名原住民高中畢業生，公費修業四年，不具醫學士學位，但具醫師資格，畢業後返回原住民地區服務。1983年成立「學士後醫學系」，招收獲得學士學位者，修業五年，即四年醫學本科（兩年基礎醫學、兩年臨床醫學）及一年實習，畢業授與醫學士學位，並具醫師資格。除了醫學系與學士後醫學系之外，另設有牙醫學、藥理學、護理學等系所或學院。進修教育方面，醫學系畢業生可在該校的公共衛生研究所、天然藥物研究所及醫學研究所等進修，不少住院醫師一方面從事臨床訓練，一方面在醫學研究所進修。為因應全校師生臨床教學、研究和實習的需要，1957年成立附設醫院，提供醫療服務，並作為學生臨床實習場所，另於高雄六合路夜市設置門診部。1970年附設「中和紀念醫院」新建工程完成，成為設備完整的醫學中心；1998年接受高雄市政府委託，經營「高雄市立小港醫院」；1999年籌設「屏東分部」；同年8月1日正式改名為「高雄醫學大學」。