1945年11月15日「台北帝國大學醫學部」更名為「國立臺灣大學醫學院」，由杜聰明擔任院長。學制上設立「醫科」，招收高中畢業生，修業年限五年 (預科一年，本科四年)，畢業後授與醫學士學位，並具醫師資格。「醫學部」在學學生全部編入「醫科」同一年級，因「醫科」修業年限五年，「醫學部」四年，因此1945年「醫學部」四年級的學生在醫院實習一年後，於1947年成為「醫科」第一屆學生。另外為了讓戰後由日本及中國大陸返回臺灣的醫學生就讀，1946年舉辦兩次「轉學考試」，結果有78人編入「醫科」，154人編入「醫學專修科」。「醫學部」改為「醫學院」時，也決定停辦「附屬醫學專門部」。「附屬醫學專門部」在校學生編入「先修班」(校址今新生南路金華女中)。「先修班」課程補修完成後，再行編入「醫科」。不過許多「附屬醫學專門部」學生不願轉入「醫科」，因此1945年另設「國立臺灣大學附設醫學專修科」，修業四年，畢業後不具醫學士學位，但具醫師資格，沿用「附屬醫學專門部」的專科學制。原來「附屬醫學專門部」各年級學生都編入「醫學專修科」的相同年級。「醫學專修科」延續6年 (1945─1950)，有5屆畢業生192人。戰後台大醫學院改制。首先是「七年制醫學士學制」的確立，「醫科」原是五年制，1947年依教育部規定改為六年制，招收高級中學畢業生，授與六年的課程 (預科一年、本科四年、實習醫師一年)。1949年又延長一年，成為七年制（預科兩年、本科四年、實習醫師一年）。其後，「七年制醫學士學制」成為臺灣醫學教育的標準學制。其次是開創「住院醫師」的訓練，台大醫學院於1950年成立住院醫師制度，實施住院醫師訓練，為培養臨床工作人才的重要管道，並沿用至今。再者，發展研究所進修教育，1939年成立的「熱帶醫學研究所」，1951年改名「公共衛生研究所」，分別於1961、1985年開始招收碩、博士研究生；1947年另成立「生理研究所」，1962年再細分為三個研究所，並開始招生。此外，1983年台大醫學院開辦「學士後醫學士學制」，又稱「雙學士學制」，1989停辦，為臺灣最早的學士後醫學士制度。由上可知，台大醫學院不只是戰後第一所醫學教育機構，也扮演引領戰後醫學教育發展的重要角色。