1634-1635年間，馬尼拉的商業貿易並不順暢，中國商人供應的貨物過多，但馬尼拉的西班牙人缺乏資金購買，迫得中國商人必須削價求售，因此虧損不少。1636-1637年間，美洲至馬尼拉的大帆船停止行駛，銀元無法運至馬尼拉，馬尼拉的西班牙人苦於現金給中國商人，馬尼拉市民原本訂購的商品，有四分之三被中國商人扣押，中國商人因此離開馬尼拉，表明他們不願意再承擔損失。對馬尼拉而言，1630年代的下半期，因美洲白銀輸入減少，使得中國人帶來的貨物滯銷，價格下跌，雞籠、淡水的西班牙人亦面臨同樣的窘境。西班牙人佔領北臺灣之後，原先寄望以此重開1624年以來中斷的對日貿易，以及打開對華貿易，剛開始的時候成效還不錯，1634、1635年間，雞籠一度成為福建與馬尼拉之間的通商中心，全盛時期有多達22艘滿載貨物的船隻同時開進港內。但是西班牙人與日本人的關係一直無法改善，1638年以後日本又厲行鎖國政策，西班牙對日貿易因而中止，且鄭芝龍完全控制台海之後，禁止福建商船來雞籠，西班牙人佔領臺灣北部與荷蘭人抗衡的作用已失去其半。西班牙以雞籠為據點，與中國商人建立貿易關係，中國商人亦極願意載運商品來賣，但是西班牙人卻沒有充足的現金購買。1635年，呂宋南部不斷發生叛亂事件，西班牙人無暇顧及臺灣，新任菲律賓總督克奎拉(Sabastian Hureado de Corcurea)，認為佔領臺灣的必要性減低，決定轉移經營重心。西班牙人在雞籠、淡水派駐軍隊、設立堡壘，駐軍的薪水、後勤補給、堡壘的整修等，費用相當龐大，每年的開銷成為菲律賓總督的財政負擔，1637年，馬尼拉的菲律賓總督重新檢討對台政策。但是西班牙人無法斷然結束在台灣的經營，菲律賓總督擔心會影響西班牙在東亞海域的聲譽，亦需安撫反對者，於是只決定縮減駐軍規模，並毀棄不必要的堡壘，不僅放棄了淡水堡壘，在雞籠港，亦只保留聖薩爾瓦多（或聖救主城），只是在實際執行的時候，受到雞籠當地道明會的反對，另外保留另一個靠近八尺門的堡壘。