清領時期，寺廟可分為官設壇廟和民設寺廟兩種，官設壇廟是國家政務的一環，以官方祭祀為目的建立，民設寺廟則不屬於官有。官設壇廟因以國家祭祀為主要單位，所以壇廟的修建被視為政府政務的一部分，設立、修建及祭祀等事宜均以公帑支應，由官吏負責各項事務。然而臺灣地處偏遠，清政府的律令對臺灣的影響力有限，大體而言，清政府未曾在臺灣刻意興建官廟，所以在臺灣的官設壇廟雖在行政管理上受地方道、府及縣長官的指揮，然而民眾才是主要的支持者。民設寺廟的創建、維持及祭祀完全由民間進行政府不加干預，有時官員為獎勵地方移風易俗之風，常會參與民廟祭祀活動，或者頒贈匾額以玆褒揚。雖然如此，清律仍然規定除既有之寺觀外，禁止民眾私自創設寺觀或擴張其規模，違者處以重罰。條例又指明民間若有意願建造寺觀或神祠，必須向政府呈報才可進行建造。到了日治時期，臺灣總督府一反清政府消極的管理態度，日本佛教在臺灣積極發展，促使官方制定宗教法規進行管理，隨後逐步擴展至舊慣宗教的管理上。這些管理政策包括社寺廟宇興建、解散規則及登記規則，與社寺廟宇調查，及〈社寺、廟宇台帳〉的造冊等，使臺灣各地寺廟的興建和廢立完全由政府單位控管，有別於清領時期以地方士紳為主。且對於臺灣的宗教團體，官方也隨時調查各地宗教的發展狀況提出報告。從這些宗教報告當中，可以看出日人對臺灣傳統信仰的若干看法，例如，臺南縣知事今井良一便曾說過，臺灣人所說的寺廟，鮮少有服務於該寺廟的神職人員或僧侶，而是由董事來管理，但有些管理寺廟的住持或董事，並非德高望重或學識淵博之人，因此無法喚起臺灣民眾高尚的信仰觀念。他認為其轄區內一千多間寺廟中，沒有統轄寺廟的宗派，也沒有宗教上的領導者，也沒有可以領導民眾的宗教家，但潛藏於臺灣人心中的宗教心卻相當頑固和倔強，他們相信吉凶禍福全由神佛定奪，故雖然臺灣人平日雖然相當吝嗇、錙銖必較，但對於神明祭祀之事，全庄必定傾其全力，投下鉅資狂熱奔走，或是典當衣物，或是變賣田園，唯恐落他人之後。他更直言，雖然基督教在臺灣傳布已久，感染力仍然有限，日本內地佛教傳布因時間尚淺並未具感化力，影響臺灣社會最深的仍然是傳統的民間信仰，他認為自己轄區內97萬餘住民，多數受迷信所支配，以致於年年投下巨額財富，贊助各種廟會活動。由宗教報告書中，可看見日人對臺灣傳統信仰的想法。總之，臺灣總督府藉著宗教法規的逐步修訂，以及定期呈報的宗教報告書，對臺灣的傳統信仰展開全面的清查工作，也因此，臺灣的傳統寺廟有完整的登記清冊，官方也得以掌握傳統寺廟實際數目、財產及運作方式。