清代開鑿中運河，徹底結束藉黃河行運時代，並建成黃、淮、運交匯樞紐，緩和河面比降，減輕濁流灌運，改善了漕運條件。漕運方法基本承明制，又有下列名目(稱漕糧本、折三大綱)：正兌米，運京倉糧，定額三百三十萬石；改兌米，運通州倉糧，定額七十萬石；改徵，將漕糧改徵為其他品種﹔折徵，將漕糧折算成銀，價銀統歸地丁項內，上報戶部。此外又實行截漕(各地漕糧起運後，地方遇災，截留部分作為賑濟，或截一地漕糧運往另一地)和撥運(主要指截留山東、河南所運薊州漕糧，撥充陵寢及駐防兵米)等措施。漕船數與編制稍異明代，一般以府、州為單位，十人一船，十船一幫，十船互保。總數由一萬零四百五十五隻升為一萬四千五百隻，而實際用於漕運的僅七千隻左右。每船裝運量不得超過五百石，另可裝土產往返各口岸行銷(後因運道淤塞而禁止)。清代最終實行官收官運，承運者是衛所軍籍中較殷實的軍丁(運丁)。發運時每船配運軍一名，運副一名，僱募水手九至十名。各省運軍水手多少不等，總數在十萬名左右。漕運最高長官為漕運總督，駐淮安。其下為各省糧道，共七人，掌本省糧儲，轄所屬軍衛，遴選領運隨幫官員，責成各府會齊、僉選運軍等﹔坐守水次，監督、驗明漕糧兌換，面交押運官，並隨船督行至淮安，呈總督盤驗。押運，原為糧道之責，後選管糧通判一人，專門負責督押，約束運軍，後因官卑職微，仍由糧道押運。領運官，由千總一人或二人領運，武舉人一名隨幫效力。為確保漕運無誤，於淮安、濟寧、天津、通州運河沿線設置巡漕御史，稽察本段漕運。此外，淮安淮北沿河置有鎮道將領，以催促入境漕船前行；在鎮江與瓜州的南漕樞紐處，由鎮江道催促，同時由總兵官(後改為副將)巡視河岸，協同督促漕船過江。