在眾多改革項目中，廢除八股考試的變革，因為牽連到全國各地眾多科舉考生的前途利益，為最受爭議的項目，所遭受的阻力也是最大，因而失去民間知識份子的支持。而汰除閒散衙門與冗員，更直接衝擊官員的既有地位與利益，遭到強烈的反對聲浪。至於裁撤綠營，命旗人自謀生計，勢必導致眾多滿人的既得利益喪失，引來滿漢之間的嫌隙對立，使滿人官員更為痛恨猜忌。康有為之弟康廣仁即提出質疑「規模太廣，志氣太銳，包攬太多，同志太孤，舉措太大，當此排者、忌者、擠者，盈衢塞巷，而上又無權，安能有成？」康有為在《新學偽經考》一書中認為古文經書如《周禮》、《逸禮》、《毛詩》、《左氏春秋》，乃是漢人為幫助王莽篡漢，用孔子的語氣所偽造，藉以動搖泥古的保守觀念，舊學說不完全可信。在《孔子改制考》一書中認為經書乃是孔子假託古人言論，按照自己的想法寫成，乃是將古代政治理想化，藉以託古改制，藉以強調孔子也是維新派，來支持自己的變法主張。由於此二書的內容過於激烈，遭到知識份子的強烈批評，而其改革主張也過於躁進理想化，導致變法運動不僅被守舊派人士強烈反對，更無法獲得維新派人士的有效的支持。光緒皇帝在明言「太后若不給我事權，我願退讓此位，不甘作亡國之君」後，慈禧太后答允不過問下，光緒頒佈國是詔，變法運動正式展開。然而光緒皇帝並無實權，真正實權仍然掌握在以慈禧太后為首的守舊派，再加上主持改革的官員諸如康有為、梁啟超、譚嗣同等人既欠缺實際的政治經驗又位居小官，沒有實際影響力，而原本支持變法的重臣諸如翁同龢等人，在過程中皆遭到罷退，中央與地方的重要官員又皆由守舊派所掌控，導致所擬訂的改革無法推行。袁世凱由於參與過強學會，又曾和翁同龢深談時局，慷慨激昂，儼然是個觀念前進的愛國志士，使維新派人士以為袁支持變法維新。由於守舊派擁有實權，維新派等人於是希望取得在天津小站練兵的袁世凱的支持，後由譚嗣同力勸袁世凱發動政變、誅殺榮祿，保護光緒。但袁世凱卻出賣維新派，將其密謀告訴守舊派大臣榮祿，慈禧太后遂發動政變，囚禁光緒，推翻新政，逮捕維新人士。