三國干涉還遼事件後，日本擔心割台情況恐發生變化，因而在一八九五年五月十日，晉升海軍軍令部部長樺山資紀中將為大將，並任命為首任台灣總督。馬關條約簽訂後台灣官紳表達強烈的抗日決心，清廷也因此希望日本暫緩第一任總督樺山資紀前往台灣，然而日本認為台灣所有地方自主之權，已經交給日本，清政府只需派員交與日本大員即可，無須暫緩。一八九五年五月二十四日，剛被任命為台灣總督兼軍務司令的海軍大將樺山資紀率領總督府文武官員共三百餘人，搭乘「橫濱號」從宇品港出發，南下接收台灣和附屬島嶼。另一方面，五月二十二日，陸軍中將北白川宮能久親王率領近衛師團第一旅團自旅順分乘十艘運輸艦前往台灣。台灣民主國成立後首先面臨的狀況是如何抵抗日軍的入侵，然而台灣民主國最大的缺點是缺乏海軍，導致無法與日軍爭奪制海權，只能被動於沿岸港口防戍，而後勤補給缺乏，亦是兵力布置上的致命傷。一八九五年五月二十日，清廷命令台灣大小官員內渡，提督楊岐珍率領麾下十二營內渡、總兵萬國本也相繼離台，此舉對台灣的防衛產生重大影響。台灣民主國成立後，以提督張兆連、基隆通判孫道義防守基隆一帶，胡友勝接防獅球嶺，候補總兵廖得勝、海壇協將余致廷守淡水一帶，唐景崧、丘逢甲巡迴守備台北，提督余清勝負責桃園一帶，吳湯興守新竹一帶，候補道楊汝翼、陳朝棟駐守台中一帶，劉永福駐守台南，吳光忠駐守東港，袁錫中駐守台東一帶。