後藤新平也展開基隆、打狗二港港埠工程的設計和建造，使二港成為近代化的港口，為臺灣的對外交通帶來劃時代的革命。基隆港是台灣北部的吞吐口，清領時期，1889年劉銘傳以林維源總辦基隆港築港工作，奠定基隆港的基礎。日治時期先後有五次的築港工程，其中以1906-1912年最為重要。基隆港對外聯絡以日本為主，還擴及中國、東南亞等地。由於興築基隆港，浚港時挖出的土石泥沙，則作為海埔新生地之用，日人進而於基隆市區實施市街改正，將原來的街道改成棋盤狀街道，建造火車站、郵局及海港大樓等公共建築。高雄港原名打狗港，清領時期已經是鳳山縣最大的港口，1863年，依天津條約，打狗正式成為通商口岸，並且一躍成為台灣主要的國際港，但後來港口堵塞。1906年，總督府根據土木局技師川上浩二郎的調查報告，進行港灣改良工程，1908年，配合縱貫鐵路的開通，陸續進行多次築港工程，高雄港遂成為台灣南部第一大港。