1898年3月，後藤新平以台灣總督府民政局長的身份，與第四任台灣總督兒玉源太郎一同來台。1900年12月，兒玉以台灣總督兼任第四次伊藤內閣陸軍大臣；1903年7月，成為第一次桂內閣的內務大臣，並兼台灣總督和文部大臣；當日、俄關係惡化時，辭去內務大臣轉任參謀本部次長；1904年日俄戰爭爆發之後，就任滿州軍總參謀長。兒玉源太郎身兼多職，長達八年的時間無暇顧及台灣殖民地的統治，實際事務均委任民政長官後藤新平，因此被稱為「缺席的總督」。後藤新平的殖民地經營策略是「生物學的原則」，他認為鯛魚的眼晴對正地長在頭的兩邊，比目魚的眼晴則長在頭的一邊，就像是比目魚的眼晴不能取代鯛魚的眼晴一樣，一個社會的習慣和制度，均是長久以來因應需要形成的，有其存在的理由，不能貿然更改，因此統治台灣當務之急，就是對台灣的舊慣制度進行科學性的調查，順應民情施政，不可貿然地以國內的法制取代台灣的舊慣。並認為，主張將日本國內的法制引進台灣的人，就像是要將比目魚的眼晴突然變成鯛魚的眼晴一樣，不懂的政治的真諦。根據這樣的生物學原理，後藤新平上任後，即展開大規模的調查事業，1898年7月，設立臨時台灣土地調查局，剛開始親自擔任局長，對全台土地進行地籍調查、三角測量及地形測量等工作；1901年，成立臨時台灣舊慣調查會，也親自擔任會長，延聘京都帝國大學教授岡松參太郎、織田萬等學者、專家來台主持和從事調查工作；1905年，更舉行第一次臨時台灣戶口調查，為台灣首次科學性的人口普查，也是東亞第一次的人口調查。