宋元時期來自海外的藥物眾多，數目達到一百餘種，有些香料亦被當作藥物來使用。宋代外來藥品的種類眾多，茲舉重要項目如下：蘇木、阿魏、肉荳蔻、白荳蔻、沒藥、胡椒、丁香、木香、蘇合油、血竭、腦子、鹿茸、茯苓、人參、麝香等等。元代廣州方志上記載多種外來藥物的種類，茲介紹如下：腦子、阿魏、沒藥、胡椒、丁香、肉子荳蔻、白荳蔻、荳蔻花、烏爹泥、茴香、硫黃、血竭、木香、蓽撥、木蘭皮、番白芷、雄黃、蘇合油、蓽澄茄、諸木、蘇木、射木、烏木、紅柴。這些藥物當中，有些是屬於香料。根據廣州《南海志》的記載，這些香料大多來自東、西洋，尤其是東非、阿拉伯、東南亞等地，其次來自高麗。外來藥物的使用，提升了中國的醫療技術。例如沒藥，在活血、散瘀、消腫、止痛方面具有療效。蓽澄茄，主治腹部脹痛，嘔吐反胃等症狀。蘇合油，用來通竅、開郁、辟穢、理氣。這些藥物實際運用在醫療上時，產生了許多效果奇佳的藥方。宋朝宮廷有一個專治偏頭痛的秘方，由龍腦和新蘿卜的自然原汁調配而成。蘇合香丸為內用的萬靈丹，可以治療百病，使用蘇合香、乳香、蓽撥、安息香、龍腦等多種香藥調配而成。據說這個藥曾讓一個已經病的奄奄一息之人起死回生。南宋都城臨安有一個人生了一個怪病，常感到寒冷，舌頭已突出一寸之長，找遍大夫也沒辦法醫好。後來路過一個道士，說用梅花片腦可以治療此病，但這種藥屬於香料龍腦分類中的第二等，不易取得。之後找遍城中的富貴人家，才找到這種香料，服用之後，果然藥到病除。諸如此類的例子，在宋元的醫書中比比皆是。