幕府的前身原本是賴朝統御源氏族人的家政機構，所以一開始的組織是模仿權門勢家的制度而設「政所」（1180年）。所謂「政所」，原先是指設於親王及官品達二位以上官員家中的正式機構。具有中央機關性質的機構，則是「侍所」，負責統御源氏的御家人（有主從關係之武士）及處理軍事、警察事務，其首長稱為「別當」。1184年，設「公文所」，後來改稱「政所」，處理財政（領地、年貢等）與一般行政事務，其首長亦稱為「別當」，也稱「執權」。另外還設立「問注所」，處理司法事務，首長稱為「執事」。後來由於事務增多，無法只在鐮倉處理，故在重要地方增設六波羅探題、鎮西探題、長門探題、奧州總奉行等機構以分擔其工作。1185年後，針對地方上的管理，則為「守護－地頭」制度。在各國設置「守護」，職掌軍事與警察之權，一旦有事，即由其督促轄內地頭、御家人，征民為夫役；或指揮御家人擔任守護京都與鐮倉的任務。同時於各國設置「地頭」，負責管理屬於源氏的莊園土地，戰時負責徵集兵糧，平時則有警察權、徵稅權及土地管理權。源氏雖然在鐮倉樹立武士政權，但並未能完全控制全國。由於當時在京都尚有以朝廷為中心的公卿政權存在，這一集團在地方上也仍有土地兵馬基礎，所以鐮倉時代的政治，是屬於「公、武二元政治」。就鐮倉幕府的經濟基礎而言，與貴族時代並無不同，都是以所控制的莊園所上繳的「年貢」為主，幕府透過「地頭」的派任，間接管理轄下的土地與人民。值得注意的是，在鐮倉時代，由於京都、奈良及其他國衙、莊園地主的消費，使得商品得以流通，貨幣經濟也發達起來，甚至產生一些因商業而繁榮的都市。