研究指出，開放海峽兩岸農業交流，在維持現有境內措施，未有配套措施的情況下，我國農畜業的產值、所得、農畜業勞動力需求都將下跌，尤其相對不具競爭力的產品，例如飼料玉米、花生、蔗糖、蒜頭等作物及養豬、養牛等畜產業可能受到極大的衝擊，引發勞工過剩問題。然而，並非所有的農畜業都將受創，部分具有台灣特色的水果產業，未來將是能與中國大陸在國際市場競爭的農產品。海峽兩岸在產品上不無互補性，若能充分運用中國大陸的資源，以及台灣的技術，兩岸的農業不無合作空間。未來如何在日趨自由化的國際貿易趨勢下，為台灣農民找到一線契機，或使農民的衝擊降至最輕，是台灣農改單位的當務之急。研究者建議農改單位輔導台灣農業朝「小而美」方向發展：一、強化具本土特性、具高附加價值、具競爭力的農作物朝精耕的方式經營，以提高農產的競爭力。二、擴大生產規模，鼓勵不具競爭力的農民將其土地出租給具競爭力的農民，透過農地合併或合作生產方式以達企業化經營的目標。三、透過可行的補貼方式(GreenBox等眾多方式)，維持農糧生產於一定的安全水準，並促其朝精耕方向經營。四、輔導農產品加工業的發展，提高農產品的附加價值。五、加強對台灣農民的教育宣導，一以提高農民的農情資訊，二以增加農民對農業政策的配合度。宣導內容至少應涵誚bWTO組織架構下，有關可行與不可行的農業支持政策的相關資訊，以及強化農民企業化經營的理念與技術，提供台灣農業的競爭力的相關資訊，輔導農民配合台灣農業結構化的調整。六、利用中國大陸農產品低價優勢，配合台灣高科技、高品質的加工技術，透過台商為兩岸共創農業共存、共榮的契機。