自東漢中晚期起，民眾生病或面對疫病，除了求助於醫術或巫術外，亦有新的選擇---找道士或憎尼。在當時出土的文物圖像中，無論「神獸鏡」還是「畫像鏡」，基本上都反映出時人對疫病和死亡的恐懼，對於神仙、不死的憧憬，以及對神獸、神人和巫術的信仰。道教的發展之初，以療病做為吸引信徒的主要手段，如：東漢天師道張道陵的崛起，在於強調治病的「玄、素」之道。對部分疾病的治癒，著重「首過」的治療儀式，要求病患先懺悔自己有生以來所犯的種種罪過，將其寫於紙上，投入水中，並向神發誓永不在犯。在疫病廣佈的年代裡，諸多道教經典致力於解釋疾病和瘟疫的起因與原由。如：《太平經》全書主旨在陳述「治病」和「治身」之道，希望修道之士和有德之君能奉行書中所說的道理，使天下太平，人民長壽安康；書中所論及的「治身之道」，依據修練者的資格和秉賦，可以發揮治病、長壽及成仙這三個不同階級的功效。不少道家經典對治療疾病的方法有所著墨，就醫術而言，《太平經》就相當肯定使用方藥和針灸的方法治病。同時，書中也指出，使用草木和生物作為方藥，是因為這些方藥中有鬼神之力，可以治病。在這方面，道家與醫家的看法很不一樣，道家傾向將疾病的發生，歸因於鬼神的「病因論」。關於大規模的瘟疫，依據漢代《太平經》的解釋，認為疫病的發生，是上天派遣神鬼至人間降災。至六朝，道士對疫病發生的解釋，提出一套較完整的說法，以及「末世論」的概念。如：道教早期的戒律書《女青鬼律》，沿襲漢代「五方疫鬼」的概念，進而對提出疾病的發生乃因五方鬼主所致，各鬼主各自掌管某一種疾病，可以帶領萬鬼施行瘟疫，這也成為後來中國民間「五瘟神」信仰的主要根源。東漢以後的道家經典對疫病的解釋，都沒有脫離《太平經》所陳述的一些基本觀點，只是每部經典強調的重點各有不同，或是對某些觀念更進一步闡釋或發揮。西晉末年（約西元307-316年），天下大亂，飢荒四起，疫病流行，導致大量民眾染病喪生。當時金潭馬跡山道士王纂，有感於百姓之苦，便在靜室之內，禱告以求神助。據聞，三天之後，感動太上道君，賜予《神咒經》，教他相關治病科儀。王纂於是以「神咒」和「齋醮」在江南一帶替人治病，疫病因而消弭。初期道教的醫學，著重以導引、按摩、服藥餌和煉丹術替人治病；至六朝，一些道教徒開始強調「養生術」對疾病的治癒。例如：陶弘景所編的《養性延命錄》一書，對服氣、導引、按摩、生活起居和飲食等方面，必須遵守的禁忌，皆有記載。道教利用符咒治病的情形，亦時有所聞。如唐初的道教醫者孫思邈，在《千金翼方》中有〈禁經〉之部，收錄了許多早期道士治病的禁咒，可以利用這些方法治療：虐病、金瘡、蠱毒、邪病、惡獸狼虎所傷、蛇毒等疾病。又有像「禁時氣卻疫法」的咒法，其咒語源出天師道，其咒語如下圖，據說只要每天唸十遍這則咒語，便不會感染任何的疫病。宋代道教醫學的一些主張不同以往，全真教創辦人王重陽，主張絕對禁慾作為修練的首要條件，不同於六朝以來著重男女合氣之術；而擺脫傳統神仙之說，追求超然客觀現實和充實完美的精神生活，被視為避免染病、健康長壽的最終目標。