與馬丁路德幾乎同時期的改革，還有在瑞士的茲文利（Huldrych Zwingli，1484-1531），他在蘇黎世首先發難。在他死後，由喀爾文（John Calvin，1509-1564）接手，主張宗教、道德應合而為一，崇尚簡樸、勤勞、自律的生活。

達摩祖師原是南印度國的三王子，經般若多羅法師的指點，看破名與利，決心拜師潛佛。達摩在南北朝時來到中國傳布佛法，曾入少林寺千聖山一坐九年，即使拿針戳入身，都不為所動，因此聖名遠播。他倡導「面壁坐禪」以定心性，後世追尊為禪宗祖師。

台灣第一位長老教會的宣教師馬雅各畢業於英國蘇格蘭愛丁堡大學醫學院的醫師，1865年6月16日就在府城看西街租得的佈道所行醫傳道，這是『台灣第一』的西醫診所，之後移往打狗的旗後，但已開啟台灣西醫療法之基礎。清末長老教會在各地所開設之醫館共計有： 1.打狗長老教醫館—1865年 2.台灣府舊樓醫館—1868年，新樓醫院前身 3.淡水偕醫館—1880年，馬偕醫院前身。1872年三月九日馬偕博士由加拿大長老教會遣派來台灣宣教，並於1880年在淡水創建台灣北部第一所西醫院——「偕醫館」，以醫療傳道之精神。偕醫館設立二十年間，得到當時洋行歷任侍醫之協助，診治民眾病症無數，其中尤以瘧疾為最。 4.大社長老教醫館—1890年，彰化基督教醫院前身。西式醫療技術使台灣許多治癒者都成為初代信徒。又北部的馬偕博士不是一位正式的醫師，卻專精於拔牙技術，他自稱從1872年至1895年之間，曾經為人拔掉21000顆以上的牙齒。

天津教案發生於1870(同治9年)，牽連許多國家，傷害規模空前，引起各國嚴重的關切，幾乎釀成戰爭。受害者有天主教堂教士修女多人，及法國駐天津領事豐大業、法國與俄國商人。發生的原因，是因為天津市民懷疑天主堂，認為他們迷拐孩童、挖眼剖心，用以製藥，乃包圍天主堂。豐大業前往交涉，對北洋通商大臣崇厚大肆咆哮，鳴槍示威，隨後又槍傷天津知縣劉傑的隨從，遂被氣憤的民眾毆斃。民眾更憤而焚毀天主教仁慈堂，死傷達20餘人。天津教案發生之後，清廷派直隸總督曾國藩前往處理。根據曾國藩的調查，天主教仁慈堂內男女幼童一百五十餘人，是由家屬送至教堂養育，並非拐騙而來，且當時天津城也無兒童遺失的報案，被教堂掩埋的嬰屍，也都有心有眼，教士拐買兒童、剖心挖眼之說，應是謠傳。曾國藩力辯對洋人的不實謠言，並查緝兇犯，嚴禁滋事，將天津知府、知縣撤職。於是朝野內外皆認為其偏護洋人。朝廷囑曾國藩勿失民心，將曾國藩調為兩江總督，以李鴻章為直隸總督，接辦調查。最後清廷賠償死者家屬四十六萬兩，並派崇厚前往法國致歉，流放府縣官員，並處死、杖罰、流放參與教案的天津民?數十人，天津教案才告了結。天津教案最後雖能和平落幕，但總理衙門意識到教案頻傳及其後果嚴重，乃擬定了「教務章程」八條，希望能對傳教士有所約束，以調和民教之間的衝突。但英、美、法均不同意，教案仍然頻傳不止，甚且愈演愈烈，最後爆發義和團全面性的非理性反教運動。

徐光啟(1562-1633)，上海人，非常景仰利瑪竇。1603年在南京研究利瑪竇的《天主實義》後，受洗為基督徒。對於基督教義理，徐光啟也試圖用中國傳統的倫理加以補充，希望基督教能對中國有所匡救。1605年，他與利瑪竇開始合譯《幾何原本》一書。徐光啟對西方科學始終興趣濃厚，接連翻譯了許多著作。1629年﹙崇禎2年﹚發生日食，欽天監推算又失準，而光啟推算應驗。於是皇帝明令由徐光啟修曆。他是明末著名的科學家，第一個把歐洲先進的科學知識，特別是天文學知識介紹到中國，可謂中國近代科學的先驅者。李之藻(1565-1630)，浙江仁和人，受洗的聖名為「良」，他向利瑪竇學習天文、地理、數學等新知，並與之合譯《渾蓋通憲圖說》。李之藻非常強調經世致用之學，認為西方的宗教和科技都可補充儒學的不足。因此重視西方所傳進來的自然科學，以及基督教義理等。1613年(萬曆41年)，擔任南京太僕寺少卿，上書請朝廷翻譯西洋曆法等書，並請朝廷全面輸入西學，不要只限於曆法。1613年(萬曆41年)，他與利瑪竇合作編譯《同文算指》，是中國翻譯西方數學的最早著作，在數學史上占有重要的地位。而他所翻譯的《明理探》一書是西洋哲學的最早中譯本。他還曾協助徐光啟修訂《大統曆》，並編撰《崇禎曆書》。楊廷筠(1557-1627)，浙江仁和人。與李之藻、徐光啟不同，楊廷筠對西方的新知瞭解不多，但對中國的傳統文化瞭解很深，精通易經和章句之學。他原本對佛教有很大的興趣，但卻於1609年(萬曆37年)接受基督教的洗禮，成為基督徒，聖名為彌額爾(Michael)，號彌格子，信仰相當虔誠。信教後，楊廷筠受到艾儒略(Juliano Aleni)神父的影響，在地方舉辦各項公益事務，較重要的是興仁會。他招集鄉紳，把每月的所得用來發放衣食醫藥。1616年(萬曆44年)發生南京教難，朝廷頒布禁教，楊廷筠還讓教士至家中避難，並著有《聖水紀言》來替基督教辯白，並藉此傳教。

佛教壁畫中最有名的，就是敦煌的千佛洞。敦煌在甘肅省，?古代絲路上的重要城市。這個地區的人，由於信仰佛教，就模仿印度的習慣，在鳴沙山開鑿了許多洞窟，在洞裡面畫起佛像來供奉。敦煌的洞窟，從北魏至明朝，經歷許多朝代的經營，保存了約一千年的繪畫資料，極其珍貴。敦煌壁畫的風格經歷幾個時期的轉變：早期為印度風格的佛教故事畫，之後漸漸融入中國式的人像造形、服裝、建築形式，甚至融入中國原有的本土宗教和信仰，混合成一個新的神話世界，繪畫風格也由描繪神佛，轉而開始描繪現實生活。唐代以後，畫家以皇室宮殿作為藍圖來想像佛教世界的「淨土」(幸福的地方)，因此，原來的印度宗教畫，就變成唐代的宮廷寫實畫，這些壁畫就成為研究唐代宮廷生活的資料

石窟藝術產生在古代印度。最初，它只是利用山間自然的洞窟作為佛教徒坐禪修持、集會及生活之用，後來，人們自己開山鑿洞，並開始在洞中設置佛像、佛塔、畫上壁畫。隨著佛教傳入中國，石窟藝術也一起傳入。莫高窟(甘肅省敦煌市)、雲岡石窟(山西省大同市)、龍門石窟(河南省洛陽市)為中國三大石窟，這些石窟藝術對於研究佛教史、繪畫、雕刻、建築、樂舞、服飾、東西文化交流等提供極為豐富的的資料。

從《古蘭經》經文中可得知伊斯蘭教有六大基本信仰。一、信仰真主阿拉，祂的神聖性是絕對的，獨一無二；二、信仰天使；三、信仰經典，相信它是真主的最後一部經典；四、信仰使者，相信穆罕默德是真主的最後一位使者；五、信後世，相信死後復活和末日審判；六、信前定，相信宇宙一切人、事、物的發生都是真主安排和事先制定的。接受這六大信仰，就是伊斯蘭教的成員，但要成為一個完整的穆斯林，更要確實遵守五項宗教功課（Ibadat），這是穆斯林必須履行的基本責任。中國通稱五項宗教功課，念、禮、齋、課、朝為五功。「念」功，為五功之首，主要是指唸誦「清真言」或「作證辭」及一切讚頌真主的經文。其中心誠口服地唸誦清真言（al-kalimahal-Tayibah）：「萬物非主，唯有阿拉，穆罕默德是阿拉的使者」，這是最基本的念功。「禮」功，又稱為「拜功」是信仰的支柱，指穆斯林面向麥加克爾白天房誦經、祈禱、跪拜等一套宗教儀式的總稱，它可以分為日禮、聚禮、會拜三類。最為人所知曉的是，每日五次的禮拜，為晨禮（破曉時）、晌禮（正午過後）、晡禮（太陽偏西時）、昏禮（黃昏）、宵禮（入夜），五次禮拜各有其特有的時間和儀式。此外，星期五的「主麻日聚禮」（Jumuah），所有穆斯林聚集在一起禮拜，可以彼此相互了解，也可以激發團體意識。「會拜」每年兩次，在開齋節（教曆10月1日）和宰牲節（教曆12月10日）各一次。禮拜是使人完全成為穆斯林的一種訓練課程，令人可想到自己與真主間的約定，感覺真主就在面前。「齋」功，每年伊斯蘭教曆的拉瑪丹（9月）全月齋戒。封齋期間，每天從破曉到黃昏，一般穆斯林不論如何飢餓口渴，完全都不能飲食。透過齋戒，穆斯林可以學會克制慾望，磨練心志，清心寡欲，獲得責任感和忍耐精神，並堅定信仰。「課」功，即繳納定量的課稅。如果穆斯林經濟狀況超過某一定特定水準，必須從他每年現款盈餘提出千分之二十五給一位值得幫助的人，施捨越多，真主給他的報償也越大。穆斯林可以藉此培養犧牲精神，免於自私及過度追求財富。「朝」功，即穆斯林在條件允許下，一生應朝覲麥加一次，如果不行可雇請別人代替朝覲。踏上先知出生之地，是穆斯林一生的夢想，完成朝功的穆斯林可以獲得「哈吉」（hajj）的榮譽稱號。朝覲季開始於伊斯蘭教曆的十月一日，為期70天，在教曆12月朝覲月的8日至12日期間朝覲，稱為「大朝」或「正朝」，其他時間朝覲稱為「小朝」或「副朝」。朝覲儀式：穆斯林先在規定地方受戒，遊轉天房，夜宿米那（效法先知在此休息），進駐阿拉法特平原上做禮拜，在薩法（Safa）和麥爾臥（Marwah）兩山之間來回奔跑七次。保衛伊斯蘭信仰，雖然不是基本教義，但古蘭經和聖訓卻一再強調其重要性。若宣稱信仰伊斯蘭教，則必須保衛伊斯蘭教，「聖戰」（Jihad）是護教的一部份，其意思為盡一己之力而奮鬥。但就教法（Shari’ah）而言，聖戰是指完全以真主之名與壓迫伊斯蘭教的敵人作戰，逃避此責任就是罪人。

醫學博士馬雅各(Dr.James L.Maxwell)醫師，於1865年5月28日正式受英國蘇格蘭長老教會海外宣道會所派，在臺灣南部的打狗(現今高雄)登陸。和他同來的尚有杜嘉德(Rev. Carstairs Douglas)與威利(Rev.Alexander Wylie)兩位牧師，以及吳水文、陳子路、黃嘉智三位漢人信徒為助手。他們來到臺南府城西門外的看西街租屋，並於1865年6月16日開始設教行醫。後來因為臺灣人以為馬醫生以病人的心肝配藥施醫，或奉耶穌的名念咒挖出死人的眼球等等，遭百姓包圍住所，並以石頭攻擊，官府亦下令他們離開府城，於是被迫到打狗的旗後(旗津)，繼續佈道行醫，成效不錯，並有高長等最初的信徒四人。 1865年11月由英國商人必麒麟(William A. Pickering)帶領馬雅各醫師進入旗山附近的木柵、拔馬和台南附近的玉井、左鎮、崗仔林等平埔族地區傳教而大受歡迎，並設立教會。1867年在埤頭(鳳山)成功的設教。1867年12月13日首任駐臺牧師李庥(Rev. Hugh Ritchie)偕夫人抵達打狗，他是屏東、阿里港、東港及東部教區的開拓者。1868年馬雅各醫師又將傳教中心自打狗移往臺南府城，積極在此進行醫療傳道。 1871年12月10日甘為霖博士(Rev. Dr. William Campbell)來台，來臺傳教47年之久，是澎湖和嘉義教區的開拓者。南臺灣長老教會傳入會被當地人的認同到接受大部分還是因病而得信，因此，醫療傳道是長老教會得以傳入臺灣的關鍵因素。偕叡理博士(George Leslie Mackay)(又稱馬偕)是加拿大長老教會宣教師，是北台灣長老教會最早引進者。他的傳教過程： (1)1872年3月7日抵達打狗，隨即由李庥牧師及德馬太醫師(Dr. Matthew Dickson)由海路來北部。 (2)1872年3月9日登陸淡水並和李庥牧師約定以大甲溪為界，以北區域屬於加拿大長老教會之宣教區。 (3)1872年4月10日於淡水租屋設教(開設淡水教會)。 (4)阿華(嚴清華)為馬偕牧師第一位學生。 (5)1872年9月26日收吳寬裕、王長水、林杯、林孽等人為弟子，並且率領他們經內港(台北)、錫口(松山)、水返腳(汐止)及雞籠(基隆)等地為人拔牙與傳教。 (6)1873年2月9日為嚴清華、吳寬裕、王長水、林杯、林孽等五人洗禮，是北部長老教會的第一批信徒。 (7)1878年5月27日馬偕牧師在淡水英領事館，和五股坑的張聰明(漢人)結婚。

與神社參拜政策互為一體兩面的，就是「寺廟整理運動」，日人拆除台灣舊有民間信仰的寺廟，獎勵各街庄以參拜神社取代傳統信仰，很多漢人信仰受到壓迫，甚至沒收寺廟的神像集中焚毀，稱為「神佛升天運動」。1938年台灣總督府召集各地方官會議，授權地方政府開始整頓寺廟，有關寺廟整理的原則為：一、寺廟以全廢為原則，但過度時期可一街庄保持一寺廟；二、舊有慣習中的祭祀活動的改善以及寺廟管理的行為須盡量合理化；三、祭祀的神明應改為純正的佛教或道教的神佛；四、寺廟的建築物必須漸次改為佈教所或寺院型態；五、被廢止的寺廟及神明會等宗教團體，其財產另外組織教化財。日人實施寺廟整理運動的原因，事實上與其因應戰爭爆發的政策有關：一來是為了排除皇民化運動的障礙，為了徹底根植臺灣人敬神尊皇的思想、神社參拜、大麻奉齋、日本式的生活普及等觀念，與台灣人日常生活的冠婚葬祭、年中行事等不可分割的寺廟，就變成皇民化最大的妨礙。二來台灣傳統的信仰可以說是「支那的信仰」，把中國的思想從台灣掃除是必要的，尤其是中日戰爭爆發之後，中國與日本是敵對的關係，中國的色彩變成疾病一般，在台灣被窮追猛打。寺廟的撤廢、神佛像的燒毀等等，是掃除從中國來的迷信很重要的象徵。其三，地方官廳對於寺廟或神明會龐大的財產都相當在意，若是寺廟整理之後，這些財力對神社的建造、國語講習所或集會所的建設，甚至可以轉為其他社會教化事業的利用，寺廟整理當然成為刻不容緩的事情。剛開始整理寺廟時，台灣傳統寺廟的各種神像，凡是泥塑者均被摧毀，木雕的除了部份送政府研究單位典藏外，大部分都被燒毀，寺廟則是被拆除，各種祭祀器具都被毀棄，如果能夠獲得保留的寺廟，還得將寺廟的屋脊兩個角拆除，讓寺廟變成日本式的建築物。廢除寺廟的行動實施後，引發民眾的不安，在台灣的日籍僧侶及學者，都不主張以強迫的手段整理台灣的傳統寺廟，1939年日本國會議員即質詢過這個問題。只是台灣總督府的目標是藉著皇民化運動讓台灣人的精神日本化，在日人看來，寺廟與迷信的整頓，不可諱言是皇民化運動的一環，只是這個措施雖然有助於陋習的改良，卻往往引起更多的民怨。很多寺廟為了自保，紛紛加奉佛教的神祇如觀世音菩薩、釋迦摩尼等，以免被拆除。1936年起，地方也發起改變台灣傳統廳堂配置與祭祖習俗的運動，台南州東石郡鹿草庄的後堀、麻豆店兩個村落，舉辦了「牌位燒毀儀式」，總共有1224座牌位堆積在焚燒場中，由僧侶舉行盛大莊嚴的焚化儀式，從此之後各地紛紛起而效尤，不僅祖宗牌位，連神佛像與掛軸都難逃燒毀的命運。