1861年，貴州主教胡縛理獲得法國公使所發的“傳教護照”後，乘坐紫呢大轎，肩挂紫帶，頭戴方帽，盛設儀從，前呼後擁，前去拜會貴州巡撫何冠英及提督田興恕。但田興恕本來對洋人就十分不滿，藉口有事不予會見。胡縛理為了此事，很不高興，便向法國公使報告，希望能通過清朝皇帝施加壓力。此項行為激怒了田興恕，便三次派兵查抄教堂，趕走教徒。1861年端午節，貴州人們按傳統習慣，上街 “遊百病”。當百姓經過教堂時，四個教士出來驅趕人群，氣焰十分囂張。田興恕便派人將4名教士綁赴刑場斬首。史稱“貴陽教案”。教案發生後，法國要求懲處田興恕。這使得清廷兩面為難，既希望中外相安，又不想懲處屢屢立下戰功的田興恕。但法國對貴州官府殺害教士的行為無法諒解，堅持清廷嚴懲。最後清廷將田興恕及其幕僚發往新疆充當苦差，對貴州教會賠銀一萬兩千兩，並將田興恕所居住的公廨給胡縛理作為天主教堂，才得以結案。

徐光啟(1562-1633)，上海人，非常景仰利瑪竇。1603年在南京研究利瑪竇的《天主實義》後，受洗為基督徒。對於基督教義理，徐光啟也試圖用中國傳統的倫理加以補充，希望基督教能對中國有所匡救。1605年，他與利瑪竇開始合譯《幾何原本》一書。徐光啟對西方科學始終興趣濃厚，接連翻譯了許多著作。1629年﹙崇禎2年﹚發生日食，欽天監推算又失準，而光啟推算應驗。於是皇帝明令由徐光啟修曆。他是明末著名的科學家，第一個把歐洲先進的科學知識，特別是天文學知識介紹到中國，可謂中國近代科學的先驅者。李之藻(1565-1630)，浙江仁和人，受洗的聖名為「良」，他向利瑪竇學習天文、地理、數學等新知，並與之合譯《渾蓋通憲圖說》。李之藻非常強調經世致用之學，認為西方的宗教和科技都可補充儒學的不足。因此重視西方所傳進來的自然科學，以及基督教義理等。1613年(萬曆41年)，擔任南京太僕寺少卿，上書請朝廷翻譯西洋曆法等書，並請朝廷全面輸入西學，不要只限於曆法。1613年(萬曆41年)，他與利瑪竇合作編譯《同文算指》，是中國翻譯西方數學的最早著作，在數學史上占有重要的地位。而他所翻譯的《明理探》一書是西洋哲學的最早中譯本。他還曾協助徐光啟修訂《大統曆》，並編撰《崇禎曆書》。楊廷筠(1557-1627)，浙江仁和人。與李之藻、徐光啟不同，楊廷筠對西方的新知瞭解不多，但對中國的傳統文化瞭解很深，精通易經和章句之學。他原本對佛教有很大的興趣，但卻於1609年(萬曆37年)接受基督教的洗禮，成為基督徒，聖名為彌額爾(Michael)，號彌格子，信仰相當虔誠。信教後，楊廷筠受到艾儒略(Juliano Aleni)神父的影響，在地方舉辦各項公益事務，較重要的是興仁會。他招集鄉紳，把每月的所得用來發放衣食醫藥。1616年(萬曆44年)發生南京教難，朝廷頒布禁教，楊廷筠還讓教士至家中避難，並著有《聖水紀言》來替基督教辯白，並藉此傳教。

隨著天主教各教會進入中國，各教會或教會內部對中國儒家文化的認識漸漸出現了分歧。其中最引起爭論的，就是中國的祭祖與祭孔活動，究竟是屬於宗教性質，抑或只是中國的禮俗。假使祭祖祭孔的活動是屬於宗教性質，那就違背基督教不崇拜偶像的教義。1628年(崇禎元年)，耶穌會為了解決歧見，便在中國召開會議，達成共識：不把中國的祭祖祭孔活動，當作是偶像崇拜。較晚到中國傳教的方濟會與道明會，對耶穌會在中國傳教的成功既羨慕又嫉妒，加上不贊成耶穌會在中國的傳教方式，因此將對中國的禮儀之爭再度點燃，也使得羅馬教皇對此問題逐漸重視。耶穌會士擔心爭論的結果會影響在中國的傳教，也派員回羅馬為在中國的傳教方式辯護與解釋。最後羅馬教皇於1704年頒佈禁令，嚴禁入教的基督教徒行中國禮儀。教皇頒佈禁令後，派遣使團到中國面見康熙皇帝。康熙皇帝對此禁令極為憤怒，下令只有經過朝廷批准的教士才可在華傳教。多數的教士意識到此舉將會嚴重影響天主教在中國的傳播情形。因此1719年(康熙58年)教宗再度派人來華交涉，希望中國能允許傳教士繼續在華傳教。不過這次的交涉並未成功，傳教士所提出的條件反而惹惱了康熙皇帝，康熙皇帝決定禁止天主教在中國傳教。

古代的譯經者為了更有效地傳播佛法，總是運用社會大眾的口語來進行佛經的翻譯。佛經雖然是外來文化，但是長久以來已經融入中國文化當中，成為中國文化的一部分。例如「三生有幸」、「兩世為人」的輪迴思想；「大千世界」、「恆河沙數」宇宙觀；「頑石點頭」、「立地成佛」的勸善思想；「種瓜得瓜」、「自作自受」的因果思想，這些都是深入民間，成為中國文化的一部分。

清初禁教的政策至十九世紀，因西方列強的進逼而解禁。1858年英法聯軍，清朝戰敗，允許傳教士進入中國內地傳教，並且開放台灣府城(安平)、淡水，打狗(今高雄)、雞籠為通商口岸。1860年又允許傳教士在中國各地租買田地及建造教堂。自此天主教傳教士可自由來臺，並可居住在口岸，進行傳教工作。1859年道明會派遣郭德剛(Fernando Sainz)神父等來臺傳教。起初，他們不時受周遭居民及官府的騷擾與阻礙，但傳教工作仍繼續進行。此時期的傳教先從南部開始，繼而擴展到中部及北部地區。1859年12月郭神父在高雄前金建立起第一個傳教據點。1861年屏東萬金(今萬巒鄉)建立傳教據點。1875年彰化羅厝(今埔心鄉)建立中部第一個教會。1887年和尚洲(今蘆洲)開教，為北部第一個教會。據1889年的教務統計，當時全台共有萬金(屏東)、前金(高雄)、山腳(高雄鼓山)、台南、沙崙仔(嘉義)、羅厝(彰化)，及和尚洲等七個天主堂，信徒約一萬人以上。天主教開教模式是先派一位傳教員了解當地民情，如果當地居民友善，就先行租屋，當作道理廳，由傳教員定期講道，經過半年或一年後，再由傳教士神父施洗。當教友漸多時，傳教士即設法建教堂，再以教堂為根據地，向四處傳教。此外，天主教教會也配合台灣民間信仰的習俗，吸引信徒，在重要的教會節慶時，將聖母像抬出遊行，並燃放鞭炮，頗有遶境的味道。

天津教案發生於1870(同治9年)，牽連許多國家，傷害規模空前，引起各國嚴重的關切，幾乎釀成戰爭。受害者有天主教堂教士修女多人，及法國駐天津領事豐大業、法國與俄國商人。發生的原因，是因為天津市民懷疑天主堂，認為他們迷拐孩童、挖眼剖心，用以製藥，乃包圍天主堂。豐大業前往交涉，對北洋通商大臣崇厚大肆咆哮，鳴槍示威，隨後又槍傷天津知縣劉傑的隨從，遂被氣憤的民眾毆斃。民眾更憤而焚毀天主教仁慈堂，死傷達20餘人。天津教案發生之後，清廷派直隸總督曾國藩前往處理。根據曾國藩的調查，天主教仁慈堂內男女幼童一百五十餘人，是由家屬送至教堂養育，並非拐騙而來，且當時天津城也無兒童遺失的報案，被教堂掩埋的嬰屍，也都有心有眼，教士拐買兒童、剖心挖眼之說，應是謠傳。曾國藩力辯對洋人的不實謠言，並查緝兇犯，嚴禁滋事，將天津知府、知縣撤職。於是朝野內外皆認為其偏護洋人。朝廷囑曾國藩勿失民心，將曾國藩調為兩江總督，以李鴻章為直隸總督，接辦調查。最後清廷賠償死者家屬四十六萬兩，並派崇厚前往法國致歉，流放府縣官員，並處死、杖罰、流放參與教案的天津民?數十人，天津教案才告了結。天津教案最後雖能和平落幕，但總理衙門意識到教案頻傳及其後果嚴重，乃擬定了「教務章程」八條，希望能對傳教士有所約束，以調和民教之間的衝突。但英、美、法均不同意，教案仍然頻傳不止，甚且愈演愈烈，最後爆發義和團全面性的非理性反教運動。

西元570年穆罕默德生於阿拉伯的麥加古來氏（Quraysh）部落的哈希姆家族，632年在麥地那城歸真。穆罕默德出生前父親就過世，六歲時候，母親也過世，後來由祖父和伯父相繼扶養。穆罕默德年幼時替人放牧，據說12歲時，隨祖父和一支載運乳香、絲綢的駱駝商隊往來於巴勒斯坦、敘利亞這些地方。25歲這一年，他受雇於麥加一位年長他多歲的富孀赫蒂徹（Khadija），幫她經營商務，同年與她結婚，這一段婚姻維持了25年。

石窟藝術產生在古代印度。最初，它只是利用山間自然的洞窟作為佛教徒坐禪修持、集會及生活之用，後來，人們自己開山鑿洞，並開始在洞中設置佛像、佛塔、畫上壁畫。隨著佛教傳入中國，石窟藝術也一起傳入。莫高窟(甘肅省敦煌市)、雲岡石窟(山西省大同市)、龍門石窟(河南省洛陽市)為中國三大石窟，這些石窟藝術對於研究佛教史、繪畫、雕刻、建築、樂舞、服飾、東西文化交流等提供極為豐富的的資料。

醫學博士馬雅各(Dr.James L.Maxwell)醫師，於1865年5月28日正式受英國蘇格蘭長老教會海外宣道會所派，在臺灣南部的打狗(現今高雄)登陸。和他同來的尚有杜嘉德(Rev. Carstairs Douglas)與威利(Rev.Alexander Wylie)兩位牧師，以及吳水文、陳子路、黃嘉智三位漢人信徒為助手。他們來到臺南府城西門外的看西街租屋，並於1865年6月16日開始設教行醫。後來因為臺灣人以為馬醫生以病人的心肝配藥施醫，或奉耶穌的名念咒挖出死人的眼球等等，遭百姓包圍住所，並以石頭攻擊，官府亦下令他們離開府城，於是被迫到打狗的旗後(旗津)，繼續佈道行醫，成效不錯，並有高長等最初的信徒四人。 1865年11月由英國商人必麒麟(William A. Pickering)帶領馬雅各醫師進入旗山附近的木柵、拔馬和台南附近的玉井、左鎮、崗仔林等平埔族地區傳教而大受歡迎，並設立教會。1867年在埤頭(鳳山)成功的設教。1867年12月13日首任駐臺牧師李庥(Rev. Hugh Ritchie)偕夫人抵達打狗，他是屏東、阿里港、東港及東部教區的開拓者。1868年馬雅各醫師又將傳教中心自打狗移往臺南府城，積極在此進行醫療傳道。 1871年12月10日甘為霖博士(Rev. Dr. William Campbell)來台，來臺傳教47年之久，是澎湖和嘉義教區的開拓者。南臺灣長老教會傳入會被當地人的認同到接受大部分還是因病而得信，因此，醫療傳道是長老教會得以傳入臺灣的關鍵因素。偕叡理博士(George Leslie Mackay)(又稱馬偕)是加拿大長老教會宣教師，是北台灣長老教會最早引進者。他的傳教過程： (1)1872年3月7日抵達打狗，隨即由李庥牧師及德馬太醫師(Dr. Matthew Dickson)由海路來北部。 (2)1872年3月9日登陸淡水並和李庥牧師約定以大甲溪為界，以北區域屬於加拿大長老教會之宣教區。 (3)1872年4月10日於淡水租屋設教(開設淡水教會)。 (4)阿華(嚴清華)為馬偕牧師第一位學生。 (5)1872年9月26日收吳寬裕、王長水、林杯、林孽等人為弟子，並且率領他們經內港(台北)、錫口(松山)、水返腳(汐止)及雞籠(基隆)等地為人拔牙與傳教。 (6)1873年2月9日為嚴清華、吳寬裕、王長水、林杯、林孽等五人洗禮，是北部長老教會的第一批信徒。 (7)1878年5月27日馬偕牧師在淡水英領事館，和五股坑的張聰明(漢人)結婚。

義和團(原名義和拳)，是民間練拳風氣加上鄉團和秘密宗教的組織。興起於1887年(光緒13年)山東冠縣教案，因教民拆毀玉皇廟改建教堂，發生群眾襲擊教士、教民事件。此後在官方的縱容之下，勢力日大。1897年(光緒23年)，山東民眾攻擊德國教堂，德國趁機進占膠洲灣，築路開礦，山東仇外情緒高漲。1899年(光緒25年)，毓賢繼任山東巡撫，篤信義和團神力，可抵禦洋人，故義和團氣焰愈高，到處焚毀教堂、殺教民，致愈演愈烈。經外國公使一再抗議，清廷改派袁世凱前往鎮壓，義和團無法在山東立足，乃向天津、北京進發。1900年義和團在慈禧太后的縱容下，圍攻使館、殺教士，遂有八國聯軍之役，北京淪陷。最後清廷求和，簽訂「辛丑條約」，才告落幕。這一次事變中，義和團民焚毀教堂，屠殺教民，使得京師大亂。京城內外所燒毀的西人住宅共計有三十四所，教堂十八所，男學堂十二所，女學堂十一所，傳道學堂四所，施藥局十二所，醫院八所，印刷處三所，盲人學堂一所。基督教遭受前所未有的打擊，也使他們反思在中國傳教的經驗教訓，開始注意約束教士、教民，盡可能的尊重中國的風俗禮儀。事後，洋教處境大為改善，一方面清廷態度丕便。由仇外改為「量中華之物力，結與國之歡心」，宣佈實行新政。另一方面，中國人對傳統迷信、巫術已無信心，對於教會在中國的教育、醫療等事業也有好感。此外，在庚子新政時期，報刊的宣傳使得中國民眾對基督教有更多的了解，也多少幫助清廷調整對教會的政策。