最初，當日本接管台灣，各地發生武裝抗日時，謠傳教徒與日軍勾結，而出現民眾攻擊教會的事件。直到日本控制台灣後，天主教的傳教工作才有所改善。總督府對台灣原有的宗教及基督教，原則上一律不加干涉，因此天主教的傳教工作進展順利。二次世界大戰後，日本幾乎與在臺傳教士的祖國－歐洲國家對立，因此總督府對天主教的政策由放任轉為嚴密監控。1939年日本政府頒布「宗教團體法」，將各宗教團體粗分為神道、佛教、基督教三類，以有效控制各宗教團體。1941年日本天主教組成天主公教會，台灣天主教也不得不加入日本天主公教會，成為公教會下的台灣教區，接受日本教會的指揮。後來，在皇民化政策下，台灣天主教在1942年加入「台灣基督教奉公會」。此時期台灣天主教的發展，據1940年教務統計，全臺共有14個堂區，信徒總數9737人。另設有靜修女學校，及高雄與羅厝2處孤兒院。