19世紀中葉，在中國開設的早期教會醫院裏，逐漸有少數中國人開始擔任西醫的學徒，學習配方調劑，這可算是培養西藥人員的開始，後來逐漸發展為開辦中級藥科學校或訓練班。至於高等藥學(西藥)教育的興辦是始開始於20世紀初，最早的藥學教育機構為軍醫學校的藥科。袁世凱為操練新軍之需，於1902年在天津設立北洋醫學堂，1906年改名陸軍醫學堂(1912年改名為陸軍軍醫學校)，同年創辦藥科。鄭壽、孟目的、陳璞等先後擔任主任。繼軍醫學校藥科之後，陸續創辦了一些藥學專科或學系。較著名的、大概情況如下：1913年浙江公立醫學專門學校內附設藥科(因此該校改名為浙江省立醫藥專科學校)，創辦人為李繩其、於達望、黃鳴駒、黃鳴龍、林公際等在藥科任教或擔科主任。1920年齊魯大學添設藥學專修科，1941年改為藥學系，隸屬理學院。薛愚、於鴻鱉、李炳魯等曾先後任系主任。1929年中法大學藥學專修科成立於上海，該專修科因得到中法庚款之資助，每年派遣一二名官費學生赴法深選。1932年華西協合大學理學院創辦藥學系。1936年於南京創辦國立藥學專科學校，這是當時中國唯一獨立設置的高等藥學教育機構，學制4年，首任校長孟目的。1936年於上海創立上海醫學院藥學專修科。1943年建立北京大學醫學院藥學系。除上述外，尚有協和醫學院藥科、湖南湘雅醫學院藥科、廣州夏葛醫學院藥科、上海震旦大學醫學院藥科、蘇州東吳大學藥學專修科、滿洲醫科大學藥學部、浙江大學理學院藥學系等等，這些校系(科)一般辦的時間較短，畢業生較少，或是早已停辦，影響均較小。中國近代藥學(西藥)教育，在傳播西方藥學知識，培養藥學人才方面發揮了不小的作用，但是在探討西醫學東漸時，我們卻甚少給予關注。原因就在於民國政府普遍重醫輕藥，藥學教育未得到應有的發展。從1906年辦軍醫學校藥科開始至1948年，40餘年間，中國竟沒有建立起一所獨立的藥學院，直至1936年才建立獨立的藥學專科學校；1948年才成立東北藥學院(現瀋陽醫科大學)。因為當時教育部規定，藥學科屬於丙類，丙類學科不能夠成立學院，只能成立專科學校。中法大學藥科創建時，原稱中法大學藥學院，但教育部不予立案批准，故以「藥學院」之名來命名算是胎死腹中。當時高等藥學教育機構，有的設在醫學院內，有的設在理學院內，有的設在專科學校內，沒有統一的學制和數育制度，既無明確的專業設置、培養目標和要求，也缺乏統一的教學計畫；加上中國的教科書，各校系(科)大都直接搬用外國教材，往往因人設課，師資也良莠不齊，大多數為兼職教師，據1949年統計，中國專任教師僅100餘人，很難保證教學品質。無論是國立、省立、私立的藥學校系(科)，由於條件的限制，一般規模均較小，因此，培養出來的人數當然也跟著減少。據1949年統計，當時培養出來的藥師累計不過2000人，到衛生部門登記領取執照的藥師僅484人(藥劑士2873人)。1949年中國僅有藥學院系(科)11所在校學生千人左右，可見當時藥學教育的落後況狀。