宋代是中國書院制度的奠基時期，其組織成員、學規制訂與考課方式，大要如下：關於組織成員方面：主要成員有山長、堂長、講書等人員。山長或院長、洞主、教授，是書院的主持人，負責書院教學、行政管理。由於書院創建之初多位於山林之中，便有「山長」的稱呼。宋代以後，「山長」正式成為管理書院的重要職務，後代一直沿用。山長個人的聲望、學識，往往影響書院的名氣，故大多由學識淵博、品性良好、在社會上擁有崇高聲望的學者擔任。「堂長」是書院的另一重要成員，其所掌職事因各個書院而有所不同。有的書院由堂長負責主持書院，所以此時堂長是山長的別稱；有的書院是在山長之下另設堂長，此時堂長是山長的副手，協助山長管理書院與進行教學。例如宋淳熙十五年(1188年)，嶽麓書院聘州教授兼山長，另聘吳獵為堂長。甚至有些書院是從生徒當中選任堂長，主要負責課堂上的上課記錄、學生學習考核、反映學生課業疑難等事務。「講書」原為學官的名稱，後來為書院所沿用，負責書院經書的講解。例如南宋時期，嶽麓書院就曾聘歐陽新為講書，負責講解《禮記》。關於學規制訂方面：宋代最為人知曉的學規，首推朱熹的《白鹿洞書院學規》。南宋淳熙六年(1179年)，朱熹出任南康軍時，在他的主持下，修復了白鹿洞書院。為了使書院能夠徹底實施他的教學理想，朱熹特別為書院制訂學規。茲將《白鹿洞書院學規》的主要內容引述如下：「父子有親，君臣有義，夫婦有別，長幼有序，朋友有信。」右五教之目，堯、舜使契為司徒，敬敷五教，即此是也，學者學此而已。而其所以學之之序，亦有五焉，其別如左：「博學之，審問之，謹思之，明辨之，篤行之。」右為學之序。學、問、思、辨四者，所以窮理也。若夫篤行之事，則自修身以至於處事、接物，亦各有要，其別如左：「言忠信，行篤敬，懲忿窒欲，遷善改過。」右修身之要。「正其義，不謀其利；明其道，不計其功。」右處事之要。「己所不欲，勿施於人；行有不得，反求諸己。」右接物之要。從上述學規內容看來，朱熹為書院教育所揭示的教育理想乃是：學問的重點在建構合理的人倫秩序(如五倫)，且用於修身處事上頭。朱熹同時也批評，若求學只為考取科舉考試，那麼只是求取利祿而已，不是儒者所應追求的目標。另一位理學家呂祖謙也曾為麗澤書院撰寫〈學規〉，其內容也是教人修身之要，及為人處事之道，同時也制定了書院的行政與教學制度。關於考課方式方面：講學是書院設置的主要目的，為了了解學生在書院的學習狀況，適時給予獎勵，考課制度在宋代書院中已被採用。宋代的湖南人十分重視學生的學習狀況，於是當地便出現了三階段的考課方式。州學學生按照每月考試的成績分等，優良者升至嶽麓書院求學，之後，成績優秀者，繼續升至嶽麓精舍念書。儘管宋代在嶽麓書院已經擁有較為完備的考課制度，但是這套考課制度在宋、元、明時期並非普遍通行。北宋時期的書院，在制度、規程、機構方面仍然十分簡單，在教學宗旨、教學內容、教學方法方面也沒有形成自己的特色，所以書院無法直接與官學相抗衡，在官學不興的清況下，可以代替官學培養人才。一旦官學發展後，書院往往為官學所取代，甚至直接成為地方官學。整個書院制度的發展，直到南宋時期，由著名的理學家朱熹、呂祖謙等人進行規畫並落實後，才漸趨成熟。