張勳復辟失敗後，段祺瑞不願恢復臨時約法，決定選舉新國會。此時，孫中山與雲南督軍唐繼堯等力爭維持首屆國會。國會再度解散後，兩廣督軍指為非法，不承認不依法定手續成立的政府。孫中山等決請大總統黎元洪南下行使職權，但黎並未同意。7月17日，孫抵達到廣州，號召國會議員南下維護臨時約法，獲西南各省支持。1917年8月，南下廣州的國會議員因僅一百餘人，距離法定人數甚遠，遂稱「非常會議」，議決成立軍政府，選舉孫為大元帥，唐繼堯、陸榮廷為元帥。可是唐陸二人並非真為護法而反段，陸更不願受孫的節制，也拒絕任職。9月1日，軍政府勉強成立，孫宣告恢復約法，以黎元洪為元首，中國遂成南北分裂之局。1918年初，唐、陸等將領成立西南自主各省護法聯合會，孫中山的大元帥已同虛設。5月，非常會議議決廢除大元帥，軍政府又改為總裁制，共設七位總裁，而以岑春?為主席總裁，孫中山雖為七總裁之一，已大權旁落。孫中山於是離粵，批評南北武人皆是亂法營私之徒。1920年8月，支持孫的將領陳炯明自閩南回師，擊敗桂系，佔領廣州，孫中山重新回到廣州執政。1921年4月，舊國會在廣州重新開會，取消軍政府，組織中華民國政府。4月7日通過選舉孫為大總統(稱為非常大總統)，續行護法，可控制地區實僅有廣東一省，但1922年8月，北京曹錕恢復首屆國會。南方護法政府的國會議員紛紛北上，孫中山的所謂護法運動亦告終止。