元太宗窩闊台之子闊端（1206-1251）分地在涼州，為招撫西藏，邀請西藏有力人士會談，薩迦班智達（貢噶堅贊，1182-1251）攜八思巴（1235-1280）等二子姪前往，返回後致書僧俗之眾歸順蒙古，至此西藏地方納入大蒙古國的版圖。忽必烈汗（1215-1294）即位後，對於藏區的施政有重大變化，特別優寵八思巴家族，將八思巴之弟封為白蘭王，許嫁宗女；再者設帝師，以八思巴所屬的薩迦昆氏及其派系子弟擔任，為全國僧政的最高官員，也是皇帝的吐蕃事務顧問，並藉獻供「十三萬戶」給八思巴的形式，扶持薩迦派及昆氏家族代理西藏，確立了供施關係。世祖也曾繼敉平薩迦本欽的謀亂，及制止止貢寺的挑釁行動。噶舉派噶舉意為佛語傳授，因此特重師徒口傳心授的密法傳承，由於該派在修法時，均按印度傳統，穿著白色僧服，故民間稱為「白教」。藏傳佛教各流派中，系統最複雜和傳承眾多的是噶舉派，有「四大八小」之稱。四大是指噶瑪噶舉及帕竹噶舉等四大支派；八小則是帕竹噶舉所分出的八個支系。 噶瑪噶舉是最早採取活佛轉世的教派，派中最著名的兩個活佛轉世的系統是「黑帽系」及「紅帽系」。黑帽系開始於噶瑪拔希，現已傳到十七世；紅帽系僅傳了十世。帕竹噶舉衍生出的支派，以止貢噶舉為較著，元代為前藏三萬戶之首，時與元廷、薩迦派為敵，明代受封為「闡教王」。吐蕃王朝覆滅，佛教組織解體，王國東偏的西寧及西極的阿里成為佛教復興的發動機，但因印度傳入的佛法顯密均有，傳承與修持的法門不同，逐漸形成各自的教理及修持之道。另外各地佛教徒紛紛與地方勢力結合，導致各寺院在政治、經濟諸多利益的衝突，因之滋生許多宗派。這時期所形成的宗派以寧瑪、噶丹、薩迦及噶舉等四大派為最著。寧瑪派寧瑪在藏文有古、舊兩義。就古義言，這一派認為其教法源於蓮花生大師，比其他各派要早300年左右；依舊義論，此派認為宏揚吐蕃時期所譯的舊密咒。一般認為朗達瑪滅法時，本派擅於秘密傳授修行法門，仍能在個人家庭中傳承。寧瑪派的僧人穿紅色僧袍，所以民間又稱之為「紅教」。噶丹派噶丹之名是以它傳教法的特徵來命名；噶譯為「教」，指佛教一切的顯密經論，丹譯為「教授」，意為對僧徒行持修習指導。噶丹之意即將佛的言教，無論顯密，都當作對僧人施以成佛之道的修持指導。薩迦派薩迦派以吐蕃王朝的貴族昆氏家族為核心。僧人可以娶妻生子，法位只能在家族內部傳承，致使政教二柄均集中於一個家族。薩迦意為灰白土，是指薩迦寺所在地土是灰白色的，且該派寺廟多在牆上塗有紅、白、灰三色，紅色象徵文殊，白色象徵觀音，灰色象徵金剛手，世人以其三色雜陳，故稱之為「花教」。