台灣總督樺山資紀向東京大本營報告「全島悉予平定」後的一個多月，台灣北部義軍又於12月底開始一連串的抗日事件，多以「克服台灣，效忠清廷」為口號，代表人物為「抗日三猛」的簡大獅、林少貓及柯鐵虎，尤其後二人比較屬於地方角頭之類的人物。他們擁眾據地自雄，甚至可與日本殖民統治當局交涉，但以抗日為名而向地方居民強收保護稅，不能盡獲民眾認同，遂很快為日人剿滅。1902年林少貓被殺代表第二期武裝抗日的結束，至1907年北埔事件才爆發第三期武裝抗日，考其原因，一方面是因保甲、紳章、警察制度、壯丁團等措施的推動，使殖民政府較能掌控民眾；另一方面則是「匪徒刑罰令」的威嚇效果。之所以再起抗爭，主要是因為總督府開始頒布各項與產業發展相關的法令與規範，例如：樟腦與糖的公賣制度或多或少影響了某些人原有的權益，因此展開了另一波的行動。但這些武裝抗日事件，大多為傳統式的農民起事，或是屬於改朝換代的易姓革命，除羅福星事件外，多不具備近代民族運動的性質。至大正四年(1915年)余清芳與羅俊、江定等人透過齋教之名吸收群眾，以建立「大明慈悲國」為號召的西來庵事件爆發後，由於犧牲者眾，故之後漢人轉為體制內的抗爭。