時間：明治31年(1898)6月—明治34年(1901)4月設置：三縣三廳--台北縣、宜蘭廳、臺中縣、台南縣、台東廳、澎湖廳原委：明治31年(1898)2月兒玉源太郎繼任台灣總督，並以後藤新平擔任民政長官一職，6月，即以財政困難為由，將全台破百的辨務署、警察署、撫墾署三者合併為44個辨務署，並且裁減冗員、精簡地方行政組織，故將獨立出來的三個縣予以回併，新竹縣分別劃歸臺北縣、台中縣。裁嘉義縣、鳳山縣，所轄區域劃回台南縣、台中縣，但保留宜蘭、台東、澎湖三廳，形成三縣三廳的體制。時間：明治34年(1901)5月—明治34年(1901)11月設置：三縣四廳--台北縣、宜蘭廳、臺中縣、台南縣、台東廳、澎湖廳、恆春廳（新設，由台南縣分出）原委：明治34年(1901年) 5月，再分台南縣，增設恆春廳，即為縣治時期最後的「四縣三廳」的行政調整，其下轄單位縣級維持辦務署，而廳級則改為出張所，此種架構直到明治34年底才有所改變。