明永曆十五年（1661），鄭成功由金門率軍渡海來臺，驅逐荷蘭人。他佔領臺灣後，隨即在當年五月規劃行政區域，改赤崁地方為東都明京，在赤崁樓(今臺南一帶)設承天府(首任府尹楊朝棟)以北設天興縣，以南設萬年縣，這一府二縣的設置是漢人在臺灣第一次正式的行政區劃。鄭台灣在鄭成功時期的行政區劃大致分為以下兩縣：天興縣：縣治設在佳里興(今台南佳里鎮)，正位於北路大目降(今新化)與新港(今新市鄉)之間，其轄區包括今之台南、嘉義、雲林、台中、彰化、南投、苗栗、新竹、桃園和台北等十縣及台中、台北、基隆三市，以莊文烈為首任知縣。萬年縣：轄區包括今台南、高雄、屏東等三縣及台南、高雄二市，縣治設於二贊行(今台南縣仁德鄉二行村)，由祝敬擔任知縣。澎湖也於此時改設為安撫司，並屯戍重兵以捍衛台灣本島的安全。