戰後，水利事業之主管機構隨之改變，在省有工礦處之公共工程局主管河川工程，及農林處之耕地課主管農田水利工程，在縣則有建設局主管建設行政，原有水利組合則改組為農田水利協會，屬於公共事業團體，至1948年改為水利委員會，組織型態完全脫離日治時期的影響。1956年正式改為農田水利會，確定水利會法律地位，為法定水利自治團體，受縣政府水利局監督。至今經過不斷地調整和合併共計有十七個水利會在運作。此外水利會間有聯合會，其前身為1922年成立之「台灣水利組合聯合會」，現為「台灣農田水利聯合會」，主旨在促進各會間互助合作共同發展。