水利經營的方式大多為私營，一般而言官方其投注的心力較少，所以除了少數有心者如周鍾瑄、曹謹外，官方態度大多比較消極，正因如此導致民間自發性的投入經營成為主要方式，因此水利組織也應運而生，當時的水利組織並非今天的法人團體，而是各埤圳透過開發者的契約合作，彼此訂立共同遵守的規約以作為運作的依據。就組織成員而言，主要有埤圳業主和引水人，埤圳業主的義務包括保養、供水和收租等，而引水人主要負責水權的分配，對水分行使共有權；就經營管理而言，包括水利灌溉、排水工作和治水工作三大方向；就收租而言，水租徵收標準大概分為四種：1.灌溉水量2.灌溉面積3.收穫量4.土地等則，水租徵收方式有一九五抽的(15%)、二八抽的(20%)等等。