清領時期臺灣書院的文化功能，首先最重要的者為確定學統。所謂學統就是藉由宋明理學家的努力與媒介，將中國自漢唐以來，以儒家教育為主的學術思想傳遞下來。中國經歷過魏晉南北朝與唐末五代之戰亂後，許多學術思想消耗殆盡。宋代以文立國，先後出現許多大儒，如胡瑗、邵康、周敦頤、程顥、程頤、張載、朱熹等。鑑於當時社會風氣空洞腐化，於是以立學統之作法，進而立人師、造就人才，再以政治設立氣節、改變風氣。影響所及，除遍及當時各地外，更深深影響後繼元明清各代學術文化之新生命。而立學統最明顯之作法為儒學內設孔廟，確立文化思想之正統與綿延。後來之臺灣書院，在儒學變成科考之行政機關後，替代儒學成為講學教育之主要場所，以傳遞學術文化為使命，輔以科舉考試為目的。清領時期臺灣書院，除傳承學術思想之功能外，最主要還有祭祀之作用。一般而言，書院祭祀的對象有二：一為祭祀先賢。儒學一般祭祀孔子（先聖），以先師（大儒）從祀；書院則多祭祀先師，臺灣由閩人設置之書院多崇祀朱子或宋儒，粵人設置之書院則祀韓愈。這些行為彰顯「正學統、樹師模、寄章教」之文化意涵。有些書院也有崇祀倉頡、名宦、鄉賢者。二為祭祀文昌帝君（梓橦帝君）、魁星。此二者為中國神話中主掌功名、祿位與文章之神。清領時期科舉考試盛行，書院生童為求考試順利，多有崇祀之慣例。而這些均有明顯文化上之意義。當時臺灣各地書院，不管其格局大小，多設有祭祀之所。如三進式書院，第三進（後座）多設計為魁星樓、文昌閣、尊經閣、澄觀閣等；四進式書院，第四進（後座）為魁星樓、文昌閣、尊經閣、御書樓、先賢祠、五子祠。而祠堂放在講堂後面，就在於表達溯源與不忘根之文化作用。